已灭绝的镜鸬鹚 (Urile perspicillatus) 及其他鸬鹚物种的线粒体基因组系统发育

《BMC Ecology and Evolution》：Mitogenomic phylogeny of the extinct spectacled cormorant (Urile perspicillatus) and other cormorant species

　　

摘要

背景

眼镜鸬鹚，又称帕拉斯鸬鹚（Urile perspicillatus（鹈形目：鸬鹚科）），曾是水手、毛皮商以及俄罗斯科曼多尔群岛常住居民的重要动物蛋白来源。由于人类活动，这种特有鸟类物种在 19 世纪中期被猎杀至灭绝。目前，尚未有已发表的眼镜鸬鹚遗传信息，其系统发育关系主要基于形态特征。本研究旨在通过展示该灭绝物种的两个历史标本的完整线粒体基因组，填补这一知识空白，这两个标本的年代分别约为距今 1510?1220 校准年前和 500?230 校准年前。

结果

我们对来自白令岛的已灭绝眼镜鸬鹚的古 DNA 进行了测序，以重建其完整线粒体基因组，并确定其在鸬鹚科其他现存物种中的系统发育位置。眼镜鸬鹚的 mtDNA 经过组装和注释，显示其线粒体基因组长度为 16,895 碱基对。它包含 13 个蛋白质编码基因、2 个核糖体 RNA 基因和 22 个转运 RNA 基因，总体碱基组成为 32.3% – A，31.3% – C，22.8% – T 和 13.6% – G，显示出对 GC 没有显著偏向。基于细胞色素 c 氧化酶 I (COI) 基因和 mtDNA 编码序列 (CDS) 的系统发育分析证实了Phalacrocorax 属和Urile 属之间的姊妹关系。

结论

基于线粒体基因组 COI 和 CDS 区域的系统发育分析表明，眼镜鸬鹚属于 Urile 属，该属是 Phalacrocorax 属的姊妹群。此外，眼镜鸬鹚是与同域分布的海鸬鹚 (U. pelagicus) 关系最近的现存亲属。这两个物种以及红脸鸬鹚 (U. urile) 曾共享北太平洋海岸作为它们分布区重叠的地方。