《Archives of Virology》：Novel avian calicivirus genome with type IV internal ribosomal entry site (IRES) in black-headed gull (Chroicocephalus ridibundus) in Hungary
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在本研究中，研究人员利用下一代测序（Next Generation Sequencing, NGS）、逆转录聚合酶链反应（Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction, RT-PCR）和Sanger测序方法，在
在本研究中，研究人员利用下一代测序（Next Generation Sequencing, NGS）、逆转录聚合酶链反应（Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction, RT-PCR）和Sanger测序方法，在匈牙利采集的黑头鸥（Chroicocephalus ridibundus）粪便标本中检测并鉴定了一种分类学上新型的禽杯状病毒。杯状病毒株gull/HA15097/HUN/2018（PZ810127）的完整基因组长度为8,845个核苷酸，长度显著突出，其5′端具有IV型内部核糖体进入位点（Internal Ribosomal Entry Site, IRES），3′非翻译区（Untranslated Region, UTR）含有茎环II样（stem-loop-II-like, s2m）序列基序。VP1衣壳蛋白与已知杯状病毒属成员的氨基酸（amino acid, aa）一致性低于26%。杯状病毒似乎不仅广泛存在于包括人类在内的哺乳动物中，也广泛存在于多种鸟类中。
杯状病毒科（Caliciviridae）成员为无囊膜、基因组长度6.4–8.5 kb的正义单链RNA病毒，科内11个正式属中，7个属感染哺乳动物，2个属（Bavovirus和Nacovirus）感染鸟类，2个属感染鱼类。尽管已在家禽和野鸟中检出多种遗传高度多样的杯状病毒，但已知受感染的鸟类种类仍十分有限。黑头鸥是一种遍布古北界的迁徙性小型鸥类，常在湿地、城镇及农田中觅食，与人类生活区域高度重叠，已被证实可携带高致病性禽流感病毒等多种病原体，其生活习性使其成为潜在的新型病毒储存库和传播媒介。目前禽杯状病毒的多样性及其致病性尚不明确，因此亟需在野生鸟类中开展病毒本底调查。本研究通过NGS、RT-PCR及Sanger测序技术，在2018年采集自匈牙利黑头鸥的粪便标本中鉴定并完整解析
