印度西北部条锈菌致病型快速鉴定的全转录组学方法

《Archives of Microbiology》：A transcriptome-wide approach for rapid pathotype discrimination of Puccinia striiformis f. sp. tritici in north-western India

　　# 摘要由 *Puccinia striiformis* f. sp. *tritici*（*Pst*）引起的小麦条锈病，由于病原菌进化迅速且不断涌现新的有毒力型，仍然是印度小麦生产的主要制约因素。快速可靠地区分 *Pst* 毒力型，对于有效部署抗性和开展监测工作至关重要。本研究利用全转录组水平的简单序列重复（SSR）和单核苷酸多态性（SNP），开发并验证了用于检测印度北部流行的 *Pst* 毒力型（110S119、238S119、46S119、110S84 和 78S84）的分子标记。从6103个核心直系同源基因簇（包含51,127条转录本）中挖掘微卫星序列，共发现14,634个SSR位点，并合成了93对引物。然而，仅有3个SSR标记表现出多态性，表明表达序列标签（EST）来源的SSR在毒力型区分方面的鉴别潜力有限。相比之下，通过严格的变异检测和过滤，发现了186个毒力型特异性的纯合SNP，其中56个高置信度位点被选用于开发竞争性等位基因特异性PCR（KASP）检测。共合成了48个KASP标记，其中14个表现出明显的毒力型特异性或聚类特异性多态性，其分辨率显著高于SSR标记。SNP到KASP的高转化效率（约95%）以及可重复的荧光聚类结果强调了KASP检测的稳健性。比较评估表明，基于SNP的KASP标记对密切相关的 *Pst* 毒力型具有优越的鉴别能力，是一种有前景的互补分子方法，可用于快速鉴定印度主要的 *Pst* 毒力型。本研究中开发的经验证标记组合可以补充常规的毒力表型鉴定和田间病原基因组学方法，用于监测目前已知的毒力型，同时通过持续优化可适应未来病原种群的潜在变化。