南极七鳃鳗物种Lycenchelys nigripalatum的染色体级基因组组装

《Scientific Data》：Chromosome-level genome assembly of an Antarctic eelpout species, Lycenchelys nigripalatum

　　

摘要

海鳗（隶属Zoarcidae科）是研究极地鱼类的适应性辐射以及功能基因平行进化理想的模型。然而，由于后勤保障方面的困难，南极地区标本的采集仍然受到严重限制。在本研究中，我们利用Illumina测序得到的短读段、PacBio高保真（HiFi）长读段以及Hi-C染色体互作数据，成功组装了Lycenchelys nigripalatum的高质量染色体级基因组。最终基因组序列长度为700.14 Mb， контейнер骨架（scaffold）的序列长度为28.04 Mb，并成功定位到了24条伪染色体（pseudo-chromosomes）上。技术验证显示该基因组的完整性和准确性均非常出色：根据Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs（BUSCO）标准，其完整性得分为99.31%，碱基质量值（QV）为62.44。基因组注释结果显示共有18,956个蛋白质编码基因，转座元件占基因组的22.79%。这一高分辨率基因组为阐明南极海鳗的极地适应机制及环境变化过程中的分子基础提供了重要支撑。