小鼠空肠再生过程的空间和时间转录组图谱

《Nature Communications》：A spatial and temporal transcriptomic atlas of mouse intestinal regeneration in the jejunum

　　

摘要

肠道上皮在受损后具有显著的再生能力，然而损伤-修复过程的空间和时间动态仍不完全清楚。我们建立了一个关于小鼠空肠中电离辐射诱导的损伤与修复过程的的空间转录组图谱，该图谱包含了23个生物样本中16,921个基因的mRNA数据，这些样本涵盖了照射后6天内的时间跨度，分辨率为2微米。分析揭示了一些通过批量分析或单细胞分析方法无法检测到的转录模式和特异性信号，包括在早期修复过程中下绒毛区域干扰素靶基因的空间限制性激活、分化的改变轨迹、两种转录特性不同的隐窝再生细胞群体，以及与肠道再生特征一致的全球性转录上调现象；此外，还发现这种过度转录的现象也存在于人类克罗恩病中。通过这项工作，我们提供了一个基于亚细胞级（2微米分辨率）的小鼠肠道再生时空图谱，这将为未来针对炎症性肠病及由损伤或癌症治疗引起的胃肠道病理的治疗策略提供重要参考。