从孟加拉国一只猫的鼻拭子中分离出的一种多重耐药大肠杆菌RSJ-SAU.Ec.2025的全基因组测序

《Microbiology Resource Announcements》：Whole-genome sequencing of a multidrug resistant Escherichia coli RSJ-SAU.Ec.2025 isolated from nasal swab of cat in Bangladesh

　　

摘要

我们报告了从孟加拉国达卡一只猫的鼻拭子中分离出的多重耐药性大肠杆菌（Escherichia coli）RSJ-SAU.Ec.2025的全基因组序列。该基因组全长为5,318,660 bp，鸟嘌呤-胞嘧啶（GC）含量为50.5%，其中包含可能的抗生素耐药基因。

公告

大肠杆菌（Escherichia coli）是一种革兰氏阴性菌，常见于人类和动物的肠道中，以及环境来源中，如食物、土壤和水（1, 2），对全球公共卫生和兽医健康构成重大威胁（3）。本文报告了从孟加拉国达卡（北纬23.8°，东经90.4°）一只三色猫的鼻拭子中分离出的多重耐药性大肠杆菌RSJ-SAU.Ec.2025株的全基因组序列。

鼻拭子样本被接种到10毫升的营养肉汤（Liofilchem，意大利）中，并在37°C下培养过夜。富集后，将肉汤中的一环菌液涂布在伊红-美蓝（Liofilchem，意大利）琼脂上，并在37°C下培养24小时。随后将疑似大肠杆菌菌落接种在新鲜的EMB琼脂和MacConkey琼脂上纯化。最初根据菌落形态（EMB琼脂上呈绿色金属光泽的圆形菌落，MacConkey琼脂上呈粉红色菌落）和革兰染色（革兰氏阴性杆菌）对大肠杆菌进行鉴定（4）。

使用DNeasy Blood & Tissue Kit（Qiagen，德国）从在37°C下培养过夜的营养肉汤中提取纯化的大肠杆菌RSJ-SAU.Ec.2025的基因组DNA。通过Qubit dsDNA定量 assay测定DNA浓度，结果为13.7 ng/μL。使用Illumina DNA Prep Reagent Kit（Illumina，美国）从300 ng的DNA制备测序文库，并在Illumina MiSeq平台上使用2 × 250 bp配对末端协议进行全基因组测序（WGS）（5）。配对末端测序产生了1,016,276条读段。使用FastQC v0.11.3（6）和Trimmomatic v0.39.2（7）对原始测序读段进行质量评估，去除Illumina接头。使用SPAdes v. 4.0.0（8）将基因组组装成至少500个核苷酸长的362个contigs，并使用QUAST v5.3.0（910）评估组装准确性、基因组完整性和污染情况，并通过FastANI v1.3（11）与参考大肠杆菌确定平均核苷酸身份（ANI）值。使用NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline（PGAP）v6.9（12

致谢

本研究得到了孟加拉人民共和国科学技术部（MoST，项目编号MoST-SRG 221342）的财政支持。