从印度尼西亚水域的Anomalops katoptron鱼类的发光器官中分离出的Limimaricola soesokkakensis TX01的基因组草图

《Microbiology Resource Announcements》：Draft genomes of Limimaricola soesokkakensis TX01 isolated from the light organ of Anomalops katoptron in Indonesian waters

　　

摘要

Limimaricola soesokkakensis TX01的基因组序列草图是从生活在印度尼西亚班达群岛地区的Anomalops katoptron的发光器官中分离得到的。该基因组的长度为4,041,441个碱基对，分布在69个contig中，GC含量为67.21%，编码3,823个预测的蛋白质编码基因。

公告

Anomalops katoptron栖息在太平洋的印度尼西亚群岛中，具有专门的发光器官（1）。其生物发光现象是由专性发光共生菌Candidatus Photodesmus katoptron（2）引起的。除了这种发光共生菌外，本研究还旨在分离并表征发光器官中的其他非发光细菌类群，以探索未来研究中细菌-鱼类共生相互作用的潜在遗传机制。

A. katoptron的样本最初是在印度尼西亚班达岛附近（4°31′30″S, 129°52′17″E）采集的，由中国的一家持证观赏鱼进口商提供。从每条鱼体中取出发光器官，用无菌蒸馏水反复冲洗，并浸泡在75%乙醇中3分钟进行表面消毒。表面消毒后，将发光器官无菌匀浆。所得组织匀浆液用无菌液体2216E培养基（Difco，美国）（3）进行系列稀释，涂布在2216E海洋琼脂平板上，然后在28°C下培养120小时。从琼脂平板上挑取单个细菌菌落并通过多次划线传代纯化。

为了提取基因组DNA，将该菌株培养在液体2216E培养基（3）中。培养条件设定为28°C，250毫升摇瓶中以200转/分钟的速度振荡，培养时间为72小时。通过离心收集细菌沉淀物。然后使用CTAB方法（4）从细胞沉淀物中提取基因组DNA。纯化后的基因组DNA的浓度和纯度通过NanoDrop分光光度计（Thermo Scientific，美国）和Qubit 4.0荧光计（Thermo Scientific，美国）进行定量和验证，以评估DNA质量。

使用27F/1492R引物对（5）扩增16S核糖体RNA（rRNA）基因。基于16S rRNA序列的系统发育分析将该分离株鉴定为Limimaricola soesokkakensis（图1），在此命名为TX01菌株。全基因组测序在MGISEQ-2000平台（MGI Tech，中国）上进行，使用2×150 bp的双末端读取方式。原始测序读段通过TrimGalore（v0.6.7）（6）预处理，以去除测序接头、修剪低质量碱基并过滤低质量读段。之后使用BBNorm（v39.91）（78910111213）进行初步的基因组特征分析和功能基因组注释。除非另有说明，所有生物信息学软件均使用默认参数运行。