ntSynt-viz：可视化多个基因组之间的同线性模式

《Journal of Evolutionary Biology》：ntSynt-viz: Visualizing synteny patterns across multiple genomes

　　

摘要

随着近年来染色体级基因组组装数据的激增，通过检测多基因组间的共线性，比较基因组学分析具有巨大的潜力。虽然现有工具可以检测多个基因组之间的共线性区域，但它们基于文本的输出使得直观探索大规模共线性模式变得困难。为了从这些工具生成的共线性数据中获得重要的生物学见解，需要具备可解释性强、信息丰富且易于使用的可视化工具。在这里，我们介绍了 ntSynt-viz，这是一种用于自动排序、规范化和绘制多基因组共线性区域的命令行工具。我们展示了 ntSynt-viz 在评估 14 个人类基因组之间的共线性时，与最先进的工具 NGenomeSyn 和 plotsr 相比，能够提供更清晰、更易于解释的染色体绘图结果；而在比较 9 种 hoverfly 基因组时，与其他工具相比也有优势。由于 plotsr 仅适用于染色体数量相同的基因组比较，因此无法用于 hoverfly 数据集。此外，我们还展示了如何使用由 16 个 Drosophila 基因组构建的 Minigraph-Cactus 图来可视化 pangenome 图中的共线性模式。我们期望 ntSynt-viz 能够为不同基因组之间的大规模共线性模式提供重要的见解，从而推动关键进化问题的研究进展。

共线性, 基因组分析, 比较基因组学, 基因组可视化, 进化