基于群体开发的物种特异性InDel标记用于鉴定胡杨（Populus euphratica）与灰杨（Populus pruinosa）之间的种间疑似杂种

《BMC Genomic Data》：Population-resourced species-specific InDel markers for identifying putative interspecific hybrids between Populus euphratica and Populus pruinosa

　　

摘要

背景

Populus euphratica（胡杨）和Populus pruinosa（梧桐杨）是中国西北沙漠河岸林的核心种质资源。准确区分这两个物种之间潜在的种间杂交个体是开展沙漠杨树群体遗传学研究的根本。目前，专门针对沙漠杨树的公开、标准化全基因组InDel标记资源仍然稀缺。传统的形态学鉴定准确性和可靠性较低，而常规标记（RAPD、AFLP、SSR）的可重复性和物种特异性有限，无法满足标准化基因分型的需求。本研究基于大规模的基因组重测序数据，开发并验证了一套高度特异且稳定的InDel标记，为后续沙漠杨树的遗传学研究提供了宝贵的基因组资源。

结果

从439份P. euphratica和146份P. pruinosa重测序样本中，共筛选出56,864个片段长度差异超过5 bp的种间InDel位点，其中3,417个位点的种间等位基因频率差异大于0.9。经过引物设计和天然聚丙烯酰胺凝胶电泳（native-PAGE）验证，共获得11对通用InDel引物对，并最终验证了两个稳健的诊断标记（P1599-3、P1599-4）。涉及50个P. euphratica、41个P. pruinosa和93个经形态学选定的疑似杂交个体的群体验证表明，该双标记组合能够可靠地检测出待测候选个体中的双亲带型模式。

结论

两个经验证的共显性InDel标记为在Populus sect. Turanga（杨属·杨组）内进行初步种质鉴定和疑似杂交个体筛选提供了可重复使用的分子资源。本研究提供的标准化筛选及PAGE基因分型流程可推广应用于其他木本杂交物种，支持干旱地区杨树的标记辅助育种和种质保护工作。