纯合片段揭示三个商品猪群体中自动合子性与生产性状之间的关联

《BMC Genomics》：Runs of homozygosity reveal associations between autozygosity and production traits in three commercial pig populations

　　

摘要

背景

纯合子连续片段（ROH）提供了自交合度的全基因组度量，可用于评估商品猪群体中选择和近交对基因组的影响。本研究调查了美国杜洛克（DD）、美国长白（LL）和美国约克夏（YY）猪的ROH架构，以及基于ROH的基因组近交系数（\({F}_{ROH}\)）与生产性状之间的关联。

结果

经质量控制后，分析了5,859头基因型猪。采用限定于SSC1-18的1 Mb ROH定义，共检测到416,225个ROH片段，其中DD个体水平的ROH最高。纳入基因组关系矩阵（GRM）的混合模型在51项群体-性状检验中识别出19个名义显著（P < 0.05）的\({F}_{ROH}\)与性状关联，其中13个在Benjamini-Hochberg FDR校正后仍显著，LL中关联模式最为广泛，DD中关联较少，YY中名义关联仅限于背膘厚度（BL）和背腰臀比（BH），且仅BH通过了FDR校正。性别特异性分析在DD中检测到名义显著的\({F}_{ROH}\) × 性别交互作用，但在45项可估交互检验中，经FDR校正后均不再显著。分段模型进一步显示25个名义显著（P < 0.05）的阈值响应，但均未通过FDR校正（最低q = 0.118）；这些探索性模式表明，名义候选\({F}_{ROH}\)断点在群体、性状和ROH长度类别之间存在差异。

结论

结果表明，基因组自交合度对生产性状的影响在不同商品猪群体间存在差异，性状依赖性关联经FDR校正得到支持，而与性别和ROH长度类别相关的模式仍属探索性。本研究观察到的群体特异性\({F}_{ROH}\)关联和阈值响应，为了解不同来源的近交如何影响生产性能提供了见解。这些发现为基于群体的近交负荷评估以及改进商品猪育种中的基因组管理策略提供了依据。