利用pyXLMS对交联质谱结果进行一体化下游分析

《Nature Communications》：Unified down-stream analysis of crosslinking mass spectrometry results with pyXLMS

　　

摘要

交联质谱技术已成为鉴定蛋白质-蛋白质相互作用以及在体内洞察蛋白质结构的首选方法。然而，将交联搜索引擎的结果与下游分析工具连接起来，从而从交联鉴定结果中获得生物学见解，仍然是一个需要手动操作且繁琐的步骤，往往还需要专业的生物信息学知识。在这里，我们介绍pyXLMS——一个Python包和公开网络应用程序，旨在简化和优化这一中间步骤，使即使没有生物信息学背景的研究人员也能进行深入的交联分析。pyXLMS目前支持来自七种以上不同交联搜索引擎的输入，以及人类蛋白质组组织（HUPO）蛋白质组学标准倡议（PSI）的mzIdentML格式。数据处理和质量控制通过pyXLMS内部直接可用的功能来实现，包括聚合、验证、注释、过滤和可视化。此外，数据可以轻松导出到十种以上支持的下游分析工具和格式中。我们通过使用多种不同的搜索引擎重新分析一个公开可用的交联数据集，展示了pyXLMS的适用性和优势，并说明了如何使用pyXLMS应用相同的数据分析工作流程。