《International Journal of Molecular Sciences》：Primary Tumor Epigenetic and Transcriptomic Alterations Associated with Nodal Burden and Metastatic Risk in ER+/HER2? Breast Cancer
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腋窝手术降阶导致病理淋巴结信息丢失，但在雌激素受体阳性（ER+）/人表皮生长因子受体2阴性（HER2?）疾病中，淋巴结受累程度仍是治疗决策的重要决定因素。研究人员探究了原发肿瘤是否依据区域播散程度在分子水平上存在差异。对47例pN1（n=29）与>pN1（n=
腋窝手术降阶导致病理淋巴结信息丢失，但在雌激素受体阳性（ER+）/人表皮生长因子受体2阴性（HER2?）疾病中，淋巴结受累程度仍是治疗决策的重要决定因素。研究人员探究了原发肿瘤是否依据区域播散程度在分子水平上存在差异。对47例pN1（n=29）与>pN1（n=18）ER+/HER2?原发肿瘤的基因组范围DNA甲基化（DNAm）分析显示，差异集中于发育基因与细胞黏附基因启动子。通过整合TCGA-BRCA队列（n=148）甲基组与转录组及KM Plotter临床结局（RFS，n=1154；OS，n=442；DMFS，n=423），研究人员识别出ARL10、RIC3、CXCL14、KCNH2四个呈一致分子与临床关联的基因，并由此推导淋巴结受累结局分子数（LION）评分。AURORA US队列（n=45）转移灶LION评分更低。SCAN-B队列（n=3969）中低评分与较短远处无复发生存相关（HR=0.38；95% CI 0.23–0.62）；校正年龄、淋巴结及肿瘤分期后关联持续，但校正组织学分级后消失（HR=0.83；95% CI 0.48–1.44），表明评分与分级捕获重叠生物学。上述发现提示原发肿瘤已呈现与转移播散程度相关的协同表观遗传及转录改变。
研究背景方面，乳腺癌腋窝手术管理正经历根本转变，前哨淋巴结活检后完成腋窝淋巴结清扫（ALND）在早期低负荷淋巴结患者中未改善生存，ALND省略已成部分人群标准，但ER+/HER2?疾病中淋巴结受累程度仍决定系统治疗策略包括基因组检测与CDK4/6抑制剂适用性。腋窝降阶使病理淋巴结变量缺失，临床需在无精细淋巴结数据时决策，因此探究原发肿瘤是否已携带可反映区域播散的分子和表观遗传程序具有明确意义。DNA甲基化（DNAm）作为整合遗传、转录与环境影响的读数被选为切入点。研究人员假设原发肿瘤表观景观反映淋巴结播散生物学程序。
主要关键技术方法包括：在Duke单中心收集2014至2023年未经新辅助治疗的ER+/HER2?临床淋巴结阳性患者原发瘤石蜡样本47例，按pN1（1–3枚）与>pN1（≥4枚）分组，使用Illumina Infinium Methylation EPIC v1.0芯片行全基因组DNAm谱，ChAMP流程质控与BMIQ归一化，LUMP估纯度，methylCIBERSORT反卷积；跨队列整合TCGA-BRCA 148例配对DNAm（450k）与RNA-seq，KM Plotter做生存描述，SCAN-B 3969例独立验证多变量Cox，AURORA US转移队列45例做评分比对；由ARL10、RIC3、CXCL14（高甲基化低表达）与KCNH2（低甲基化高表达）经DESeq2归一与minMax缩放构LION评分；统计用Wilcoxon秩和、Fisher精确、Cox比例风险与顺序校正。
研究结果部分，2.1节Duke队列47例中位年龄60岁，两组年龄与组织学无差，>pN1者肿瘤分期更高，纯度与免疫基质组成可比，排除成分混杂。2.2节全基因组鉴别7794个差异甲基化CpG位点（DMS），>pN1以启动子高甲基化（5025）为主伴非启动子低甲基化（2769），UMAP部分分离，CpG岛富集高甲基化、open sea/shelf富集低甲基化，证明原发瘤携节点负荷相关协同DNAm特征。2.3节聚焦启动子DMS，Duke 2490基因、TCGA 192基因交集96个、同向87个，GO富集发育与细胞黏附；TCGA整合转录得6基因（ARL10、CXCL14、KCNK12、KCNH2、RIC3、ZNF300）甲基?表达一致，其中5个启动子高甲基化低表达、KCNH2低甲基化高表达，拷贝数改变不解释表达差。2.4节据方向一致性与KM Plotter临床关联保留4基因建LION评分，低分示播散表型；TCGA中>pN1评分低于pN1（中位数差?0.143，p<0.001），pN0与pN1相近；SCAN-B中>pN1亦更低（p<0.001）；AURORA US转移灶低于原发（p=0.0016）；KM Plotter低分伴更短DMFS（HR=0.39）与RFS（HR=0.74），OS边缘（HR=0.64，p=0.054）。2.5节SCAN-B单变量LION与远处复发生存关联HR=0.38，依次加年龄、pN、pT仍显著，加组织学分级后消失（HR=0.83，p=0.51），提示LION与分级生物学重叠而非独立预后。
讨论部分指出，淋巴结省略不改变其预后价值，本研究显示ER+/HER2?原发瘤随节点负荷呈协同DNAm与转录重编程，跨队列启动子高甲基化主导、富集发育与黏附，符合可塑性与微环境互作。LION为四基因表达度量，非因果声明，CXCL14关联免疫与转移签名，ARL10囊泡运输、RIC3炎症信号均报道下调促侵袭，KCNH2高表达伴低甲基化关联侵袭行为。LION在转移灶更低且关联DMFS，但校正分级后失独立预后力，故定位为描述性生物学读数而非临床分类器，不同于既往EpiSig。局限含发现队列小、未控FDR、未做功能验证、纯小叶癌与NAC人群未涵盖、种族偏倚。
结论部分翻译：本研究识别ER+/HER2?乳腺原发瘤中随淋巴结负荷增加的启动子DNAm改变具跨队列一致性，伴独立队列转录协同变化，富集发育与细胞黏附过程，支持区域淋巴播散相关肿瘤分子程序存在；整合得ARL10、RIC3、CXCL14、KCNH2四基因构LION评分为该播散生物学读数；LION在高职结负荷与转移瘤更低且关联远处复发，但校正组织学分级后衰减，故LION当前应视为生物学信息性度量而非临床分类器或已验证预后工具，需功能与前瞻研究明确其生物及临床相关性。论文发表于《International Journal of Molecular Sciences》。
