COCaDA-web：一个用于探索性分析蛋白质中原子间接触的交互式网络服务器

《BMC Bioinformatics》：COCaDA-web: an interactive web server for exploratory analysis of interatomic contacts in proteins

　　**摘要****背景**蛋白质接触往往是表征分子相互作用和化学键的前提条件。传统的实现方法计算开销仍然很高，带来了显著的可扩展性和可用性挑战。我们提出COCaDA-web，一个交互式且用户友好的Web服务器，允许用户动态探索和可视化蛋白质接触数据。该服务器建立在COCaDA（基于Cα距离分析的接触搜索剪枝）命令行工具之上，后者旨在实现大规模蛋白质原子间接触检测。用户可以提交自己的查询，也可以浏览蛋白质数据银行（PDB）中超过24万种蛋白质的预计算数据。**结果**COCaDA-web包含新功能，如pH值自定义以实现质子化感知分析和生物组装支持，并且处理多达1000个残基的蛋白质所需时间不到一秒。动态表格中为每个条目提供详细结果，同时配有交互式3D可视化、带注释的PyMOL会话和逐步使用指南。我们通过对比分析转甲状腺素蛋白（Transthyretin）和5-羟基异尿素水解酶（5-Hydroxyisourate Hydrolase）的原子间接触来演示我们的工具，这两种蛋白质在进化和结构上具有相关性，但已知执行与淀粉样蛋白生成和痛风相关的不同生物学功能。COCaDA-web揭示了重要差异，尤其是在它们的中心空腔方面，这些差异有助于解释这些蛋白质的功能分化。目前，COCaDA-web数据库包含约7.46亿个接触，其中链内接触6.9亿个，链间接触5500万个。**结论**COCaDA-web提供了一个快速、交互式且可扩展的蛋白质原子间接触分析平台，将高效的大规模接触检测与直观的可视化和探索工具相结合。COCaDA-web可免费访问，地址为 https://bioinfo.dcc.ufmg.br/cocada-web ，无需登录。**图形摘要**[图片]