阿尔卑斯沃格斯氏菌新种、湖泊沃格斯氏菌新种、山湖沃格斯氏菌新种、寡营养沃格斯氏菌新种和溪流沃格斯氏菌新种，分离自淡水环境

《BMC Microbiology》：Vogesella alpina sp. nov., Vogesella limnetica sp. nov., Vogesella montanilacustris sp. nov., Vogesella oligotrophica sp. nov. and Vogesella rivulicola sp. nov., isolated from the freshwater environments

　　

摘要

背景

沃格斯菌属（Vogesella）菌株属于美贺克菌科（Chromobacteriaceae），由于其能够合成靛蓝菌素（indigoidine）而受到广泛关注。然而，由于可用菌株数量有限，对该属生态功能的研究仍显不足。

结果

近年来，从淡水环境中分离了18株沃格斯菌，其中8株已于2023年由我们报道。其余10株沃格斯菌（Dicai11^T、DSH15^T、FXH17^T、FXH30、FXH49、Huaxi11、Huaxi14、Ji36^T、YLH38^T和YLH41）在本研究中与其他沃格斯菌进行了详细的比较分析。利用16S rRNA基因序列和公开可用基因组的系统发育比较表明，目前已知沃格斯菌菌株形成五个不同的进化枝。菌株FXH17^T在系统发育基因组树中代表一个独立的进化枝（进化枝1）。从高山湖泊中分离的菌株Dicai11^T和Ji36^T也代表一个独立的进化枝（进化枝4）。菌株DSH15^T、FXH49、YLH38^T和YLH41与Vogesella urethralis、Vogesella aquatica、Vogesella perlucida和Vogesella mureinivorans形成了一个进化枝（进化枝3）。ANI、dDDH和AAI分析进一步表明，菌株FXH30和Huaxi14应属于Vogesella indigofera种，菌株FXH49、Huaxi11和YLH41应分别属于V. urethralis、Vogesella margarita和V. perlucida种。菌株Dicai11^T、DSH15^T、FXH17^T、Ji36^T和YLH38^T与各其他测试菌株之间的ANI和dDDH值分别均低于94.4%和56.2%，表明这五株菌株各应代表沃格斯菌属中的独立新种，因此提出以下名称：Vogesella alpina sp. nov.（Dicai11^T=GDMCC 1.6233^T=KCTC 18482^T）、Vogesella rivulicola sp. nov.（DSH15^T=GDMCC 1.6232^T=KCTC 18472^T）、Vogesella oligotrophica sp. nov.（FXH17^T=GDMCC 1.6237^T=KCTC 18476^T）、Vogesella montanilacustris sp. nov.（Ji36^T=GDMCC 1.6234^T=KCTC 18473^T）和Vogesella limnetica sp. nov.（YLH38^T=GDMCC 1.6230^T=KCTC 18470^T）。比较基因组学分析表明，并非每个沃格斯菌菌株都能合成靛蓝菌素，多种途径可能负责靛蓝菌素的产生。沃格斯菌菌株之间存在明显的遗传差异，尤其在氮循环和磷循环方面。聚集在进化枝3中的八株菌株缺乏coxA和coxC基因，这两个基因编码有氧呼吸链末端氧化酶的亚基。大多数沃格斯菌菌株没有完整的反硝化途径，且缺乏一氧化二氮还原酶。只有菌株Dicai11^T具有完整的膦酸转运和代谢系统，这可能使其能够适应高山湖泊的贫磷生境。

结论

综上所述，本研究扩展了我们对沃格斯菌属菌株生态功能潜力的理解。

背景

沃格斯菌属（Vogesella）菌株属于美贺克菌科（Chromobacteriaceae），由于其能够合成靛蓝菌素（indigoidine）而受到广泛关注。然而，由于可用菌株数量有限，对该属生态功能的研究仍显不足。

结果

近年来，从淡水环境中分离了18株沃格斯菌，其中8株已于2023年由我们报道。其余10株沃格斯菌（Dicai11^T、DSH15^T、FXH17^T、FXH30、FXH49、Huaxi11、Huaxi14、Ji36^T、YLH38^T和YLH41）在本研究中与其他沃格斯菌进行了详细的比较分析。利用16S rRNA基因序列和公开可用基因组的系统发育比较表明，目前已知沃格斯菌菌株形成五个不同的进化枝。菌株FXH17^T在系统发育基因组树中代表一个独立的进化枝（进化枝1）。从高山湖泊中分离的菌株Dicai11^T和Ji36^T也代表一个独立的进化枝（进化枝4）。菌株DSH15^T、FXH49、YLH38^T和YLH41与Vogesella urethralis、Vogesella aquatica、Vogesella perlucida和Vogesella mureinivorans形成了一个进化枝（进化枝3）。ANI、dDDH和AAI分析进一步表明，菌株FXH30和Huaxi14应属于Vogesella indigofera种，菌株FXH49、Huaxi11和YLH41应分别属于V. urethralis、Vogesella margarita和V. perlucida种。菌株Dicai11^T、DSH15^T、FXH17^T、Ji36^T和YLH38^T与各其他测试菌株之间的ANI和dDDH值分别均低于94.4%和56.2%，表明这五株菌株各应代表沃格斯菌属中的独立新种，因此提出以下名称：Vogesella alpina sp. nov.（Dicai11^T=GDMCC 1.6233^T=KCTC 18482^T）、Vogesella rivulicola sp. nov.（DSH15^T=GDMCC 1.6232^T=KCTC 18472^T）、Vogesella oligotrophica sp. nov.（FXH17^T=GDMCC 1.6237^T=KCTC 18476^T）、Vogesella montanilacustris sp. nov.（Ji36^T=GDMCC 1.6234^T=KCTC 18473^T）和Vogesella limnetica sp. nov.（YLH38^T=GDMCC 1.6230^T18470^T）。比较基因组学分析表明，并非每个沃格斯菌菌株都能合成靛蓝菌素，多种途径可能负责靛蓝菌素的产生。沃格斯菌菌株之间存在明显的遗传差异，尤其在氮循环和磷循环方面。聚集在进化枝3中的八株菌株缺乏coxA和coxC基因，这两个基因编码有氧呼吸链末端氧化酶的亚基。大多数沃格斯菌菌株没有完整的反硝化途径，且缺乏一氧化二氮还原酶。只有菌株Dicai11^T具有完整的膦酸转运和代谢系统，这可能使其能够适应高山湖泊的贫磷生境。

结论

综上所述，本研究扩展了我们对沃格斯菌属菌株生态功能潜力的理解。