优化溶菌酶酶解预处理联合TRIzol?法从Amycolatopsis lurida中高效提取RNA的方法研究

《Journal of Microbiological Methods》：Optimised lysozyme-assisted TRIzol? extraction yields high-integrity RNA from the antibiotic-producing bacterium Amycolatopsis lurida

　　

摘要

革兰氏阳性菌（尤其是产抗生素的Amycolatopsis属）的RNA高效提取仍极具挑战，原因在于其坚固的肽聚糖细胞壁及RNA的不稳定性。本研究系统优化了以溶菌酶进行酶解预处理并结合TRIzol?/氯仿提取的方法，以提高从Amycolatopsis lurida中提取RNA的得率与完整性。我们评估了机械裂解（超声处理、玻璃珠破碎）与酶解方法在不同孵育时间（5、10、30分钟）下的效果。最佳条件（10 mg/mL溶菌酶，37°C孵育10分钟）与单独使用TRIzol?相比，RNA得率提高了516倍（从15.2 ± 3.3 ng/μL提升至7845.8 ± 447.7 ng/μL），且RNA完整性优良（RIN值10 vs. 2.6）。该方案从15 mL对数生长阶段培养物（440 ± 34.5 mg湿重细胞）中可获得约235 μg总RNA，足以满足RNA测序和RT-qPCR应用需求。机械裂解方法尽管经过多种优化尝试，仍存在显著的RNA降解问题。优化后的溶菌酶-TRIzol?方案提供了一种快速（<3小时）、经济高效的替代方案，在满足当代转录组学应用方面可实现更优异的RNA质量。

Lucy Butler|Jamie Bojko|Muhammad Safwan Akram

英国达灵顿 泰赛德大学国家视野中心，邮编DL1 1HG