《Journal of Phycology》：Comprehensive revision of Mallomonas sect. Peroneides stat. nov. (Chrysophyceae) integrating morphology and multigene phylogeny
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Mallomonas是金藻纲（Chrysophyceae）中多样性最高的属之一，然而由于分子采样有限，其许多谱系在分类学上仍未解决。Peronoides系列（series Peronoides）在历史上仅包含四种，长期存在分类困难，其中最突出的问题是依赖一种稀
Mallomonas是金藻纲（Chrysophyceae）中多样性最高的属之一，然而由于分子采样有限，其许多谱系在分类学上仍未解决。Peronoides系列（series Peronoides）在历史上仅包含四种，长期存在分类困难，其中最突出的问题是依赖一种稀有的半球形结构来区分孟加拉Mallomonas（M. bangladeshica）与Péronides Mallomonas（M. peroneides）。研究人员对原先作为Peronoides系列处理的Mallomonas组Peroneides（新地位，stat. nov.）进行了全面修订，整合了详细的形态学分析与五基因系统发育分析。从五个国家的15个淡水地点分离的31株藻类，基于核核糖体内部转录间隔区（internal transcribed spacer, ITS）DNA区域，被划分为七个支持良好的分支。其中四个分支对应于先前已描述的物种（M. bangladeshica、M. ceylanica、M. peroneides、M. stellata），而三个分支代表新分类单元：M. cotyloides sp. nov.、M. neotropica sp. nov.和M. palmata sp. nov.。形态学重新评估（包括原始图标型）在鳞片结构、次生层分布方面确定了可靠的诊断特征，并通过实验证实了半球形结构的形成具有温度依赖性。系统发育分析揭示了该组内两个深分化的谱系，反映出中央凹陷形态和鳞片多样化的不同进化轨迹。生物地理学和生态学数据表明，该类群主要与温暖、腐殖质的淡水栖息地相关，但部分类群可耐受明显更冷的环境。这些结果共同细化了物种界限，解决了长期存在的分类学模糊问题，并为Mallomonas未来的分类学、系统发育学和生态学研究建立了坚实的框架。
Mallomonas属(Chrysophyceae)物种多样但许多谱系分类未决，特别是Peroneides组(原series Peronoides)因依赖稀有半球形结构区分M. bangladeshica与M. peroneides而长期存在分类困难。研究人员从捷克、韩国、印度尼西亚、越南、美国的15个淡水地点采集样品，分离31株藻类，整合形态学(光学显微镜light microscopy, LM; 透射电子显微镜transmission electron microscopy, TEM; 扫描电子显微镜scanning electron microscopy, SEM)和五基因(nuclear SSU rDNA, nuclear LSU rDNA, plastid LSU rDNA, plastid rbcL, plastid psaA)系统发育分析，对Mallomonas sect. Peroneides进行综合修订。通过ITS rDNA谱系分型确定7个分支，结合形态测量与非度量多维尺度分析(nonmetric multidimensional scaling, NMDS)界定物种界限，并基于培养实验验证半球形结构的温度依赖性。系统发育分析采用最大似然法(maximum likelihood, ML)和贝叶斯法(Markov chain Monte Carlo, MCMC)，最终描述3个新种，厘清物种关系与演化趋势。
**Taxonomic revisions and diagnoses**
通过比较31株菌株的硅质鳞片形态与原始图标型，结合NMDS排序，将7个分支分别对应至M. bangladeshica、M. ceylanica、M. peroneides、M. stellata及3个新种(M. cotyloides sp. nov., M. neotropica sp. nov., M. palmata sp. nov.)。对各物种进行了修订描述、诊断特征和分布范围界定。
**Phylogeny of Mallomonas section Peroneides**
基于核ITS rDNA区域构建的系统发育树将31株菌株分为7个支持良好的种级谱系(对应上述7个物种)。基于五基因连接数据集(9991个碱基, 82株Mallomonas与4个外类群)的贝叶斯系统发育树显示，Mallomonas sect. Peroneides形成一个强支持的单系分支，与sect. Planae为姐妹群。组内分为两个主要分支：一支包含M. bangladeshica(最早分化)与M. neotropica+M. stellata(姐妹种)；另一支包含M. peroneides+M. palmata与M. cotyloides+M. ceylanica。此前被错误鉴定的菌株(如Hoesan061007G, Gungnam092213J等)被重新归属。
**Morphological analyses of siliceous scales**
基于11个定量和2个定性鳞片性状的NMDS分析(压力值0.12)表明，各分支形成离散且不重叠的聚类，图标型与相应菌株分组一致。形态变异主要由鳞片宽度、中央凹陷大小、次生层延伸范围、乳突有无及网状纹饰等特征决定，为物种划分提供了定量依据。
**讨论与结论**
讨论部分总结如下：Mallomonas sect. Peroneides是Mallomonas属中最早分化的谱系之一，约1.75亿年前分化，其鳞片形态在数千万年中被高度保守。基于系统发育，中央凹陷为祖先性状，在M. stellata中完全丢失，在M. cotyloides和M. ceylanica中发生缩小或拉长。半球形结构并非稳定分类特征，实验表明其在温度≥24°C时可诱导形成，且与pH和硅浓度无关，因此不应用于区分M. bangladeshica与M. peroneides。生物地理学上，M. bangladeshica广泛分布于全球热带亚热带，M. palmata见于温暖区域及温带，M. cotyloides和M. stellata呈间断分布，M. neotropica限于中美洲，M. ceylanica主要见于东南亚。这些物种多偏好温暖、腐殖质丰富的水体，但部分类群可耐受较低温度。此外，Mallomonas sect. Peroneides的细胞形态与已失效的属Conradiella相似，综合证据提示Conradiella可能是Mallomonas属内的一个谱系。
翻译研究结论部分：“这些结果共同细化了物种界限，解决了长期存在的分类学模糊问题，并为Mallomonas未来的分类学、系统发育学和生态学研究建立了坚实的框架。”
