发现一种新的长链非编码RNA（lncRNA）特征谱，用于诊断三阴性乳腺癌（TNBC）的基底亚型

《Scientific Reports》：Identification of a novel lncRNA signature for the diagnosis of TNBC basal subtype

　　

摘要

TNBC（三阴性乳腺癌）是一种尤其具有侵袭性的乳腺癌类型。基于这一特性，我们的前瞻性研究旨在开发一种lncRNA（长链非编码RNA）特征标志物，以辅助TNBC亚型的诊断。我们对TCGA-BRCA数据集和GEO数据集进行了差异表达分析，以筛选出能够区分TNBC和非TNBC的lncRNA标志物。在总共34个差异表达的lncRNA中，通过与铜死亡的调控相关lncRNA进行对比，最终确定了12个候选lncRNA。这些候选lncRNA与100个差异表达的蛋白质编码基因存在关联。经过TNBC亚型特异性表达分析，发现了三个新的lncRNA：LINC01956、LINC02188和CASC8，它们在TNBC-BL1亚型中表现出特异性表达。基因本体论（Gene Ontology）和KEGG通路分析显示，这些lncRNA参与细胞周期、细胞迁移、DNA复制以及血管生成过程。与之相关的蛋白质编码基因主要与NF-kappa B、Wnt、SP1、ERbB等信号通路相关。在石蜡包埋组织样本（80例乳腺癌样本及其相邻的正常组织样本）中验证了这些候选lncRNA的表达情况，结果发现它们在TNBC中表达上调。为了评估它们作为循环生物标志物的潜力，我们对血液（80例乳腺癌患者血液和40名健康个体血液）和血清（40例乳腺癌患者血清和40名健康个体血清）进行了表达分析，发现它们在TNBC中的表达水平也显著升高。此外，还在基底细胞型乳腺癌细胞系中验证了这一lncRNA特征标志物的表达情况，结果证实了它们的基底细胞型特异性。通过ROC曲线分析进一步确定了这些候选lncRNA特征标志物的诊断效能。单个lncRNA的高表达值均大于或等于0.8，且p值显著，证实了它们作为TNBC诊断生物标志物的潜力。该lncRNA特征标志物的AUC值为0.8604（95%置信区间：0.8041–0.9099），对应的敏感性为83.67%，特异性为96.92%，可用于TNBC与正常组织的区分。因此，本研究提供了三种基于lncRNA的TNBC-BL1亚型诊断标志物。