来自 oriGen 队列的 1427 名墨西哥人的全基因组测序

《Nature Communications》：Whole genome sequencing of 1427 Mexican individuals from the oriGen cohort

　　

摘要

拉丁美洲人群在基因组研究中仍然代表性不足。为解决这一问题，我们对作为oriGen项目的一部分招募的1481名志愿者的全基因组高覆盖度数据进行了分析。我们鉴定出超过4720万个SNV和810万个短插入/缺失变异，其中包括近300万个在dbSNP和墨西哥城前瞻研究中缺失的非单倍型短变异。混合分析表明，需要墨西哥训练数据集才能更准确地通过遗传相似性估计祖先成分。与MX-AMR相关的拷贝数变异分析突出了几个位点，包括LCE1D和RHD。有趣的是，虽然3.1%的参与者携带决定Rh血型的RHD基因纯合缺失，但在MX-AMR较高的个体中，这一频率降至0.6%。由于RHD缺失在东亚人中很少见，且Rh阴性表型在美洲原住民人群中也很罕见，我们的结果支持了Rh阴性血型频率在西班牙征服期间增加而非由遗传漂变引起的假说。我们还发现，10%的志愿者是CYP2D6基因22-42128945-C-T功能丧失变异的杂合子，CYP2D6是一种参与代谢止痛药和他莫昔芬的酶。本研究有助于解决墨西哥人群在基因组研究中代表性不足的问题。