Clonostachys allendensis sp. nov.（阿连德丛梗孢新种）：自墨西哥杜兰戈菜豆秸秆分离的一新种

《Microorganisms》：Clonostachys allendensis sp. nov.: A New Species Isolated from Bean Straw in Durango, Mexico

　　

丛梗孢属（Clonostachys）包含形态相近的物种，其界定常需整合分类学方法。研究人员从墨西哥杜兰戈州洛斯利亚诺斯地区采集的平托菜豆（Phaseolus vulgaris L.）秸秆中分离获得三株真菌菌株（RC2、RC5和RC7），并采用形态学与多基因座系统发育分析对其进行研究。基于五个基因座（ITS、LSU、TEF1、TUB2和RPB2）的系统发育重建一致将该分离株解析为单一、强支持的单系谱系，明显区别于近缘种Clonostachys rhizophaga、C. chloroleuca和C. kunmingensis。形态上，Clonostachys allendensis与最近系统发育亲属的区别在于以下特征组合：黄色子囊壳、圆柱形至略瓶形的产孢瓶梗、以单细胞椭圆分生孢子为主，以及淡粉至鲑粉色的菌落色素。此外，多基因座系统发育分析一致恢复C. allendensis为丛梗孢属内一个独特且受良好支持的谱系。在所检菌株中，RC7（CM-CNRGT）被指定为模式菌株。基于分子与形态证据的结合，该谱系在此描述为Clonostachys allendensis sp. nov.。本研究拓展了墨西哥丛梗孢属多样性的现有认知，并有助于理解农业残留物相关的真菌多样性。

研究背景方面，丛梗孢属（Clonostachys Corda，肉座菌目（Hypocreales）肉座菌科（Bionectriaceae））为一类世界性分布、生态多样的真菌，历史上曾与有性态Bionectria混用，后依“一菌一名”原则保留Clonostachys。该属物种表型可塑性强、近缘种形态重叠严重，单纯形态学难以准确界定物种边界，需结合多基因座系统发育与家系一致性系统发育物种识别（GCPSR）等整合分类学手段。墨西哥境内该属研究多集中于土壤、植物残体及生防应用，半干旱农业区如杜兰戈菜豆秸秆上的多样性记录匮乏。为此，研究人员在2023年秋冬季于杜兰戈州瓜达卢佩维多利亚市Santa Catalina de Siena采集平托菜豆秸秆，经加湿培养分离真菌，选取形态疑属Clonostachys的RC2、RC5、RC7三株开展分类学研究，旨在明确其分类地位与系统发育关系，成果发表于《Microorganisms》。

关键技术方法上，研究人员构建样本队列来源于墨西哥杜兰戈洛斯利亚诺斯地区平托菜豆秸秆，经PDA筛选获得三株目标分离株；分子端扩增并测序ITS、LSU、TEF1、TUB2、RPB2五个基因座，以BioEdit拼接、BLAST初鉴后联同GenBank近缘种参考序列建库；系统发育端采用IQ-TREE分区最大似然法（ML，1000次超快自举）与MrBayes贝叶斯推断（双跑各1500万代、25%焚毁期）分析五基因座串联矩阵（70分类单元、4029位），并以MEGA7对各基因座单独建树，在GCPSR框架下评估谱系一致性，辅以MEGA7计算RC7与近缘种各基因座绝对核苷酸差异及未校正p距离。

研究结果部分，首先见“3.1 多基因座系统发育”：分区ML树中RC2-RC5-RC7获97% UFBoot支持成单系，RC2+RC5内部支100%支持，RC7居谱系内独立位；贝叶斯树同样恢复该谱系（PP=0.969），与C. rhizophaga支间节点PP=0.989；单基因看ITS、LSU、RPB2、TEF1四树均支持三株成独占谱系（TEF1自举86.8%最高），仅TUB2树出现拓扑歧异但RC7与C. rhizophaga CBS 202.37姊妹关系自举仅4.75%，不构成强冲突；序列差异上RC7相对C. rhizophaga、C. kunmingensis、C. chloroleuca在五基因座分别累积2-4/4/2/2/9、4/5/17/5/16、4/7/6/8/30个替换，定量佐证分化。其次“3.2 Clonostachys allendensis sp. nov.分类学”：补记MycoBank MB863532，种加词allendensis指模式产地近Ignacio Allende；模式RC7（CM-CNRG 1263）自菜豆秸秆分离，ITS PQ596151等登录号齐备；菌落PDA上初白后淡粉至鲑色、棉絮状，反面淡奶油至粉；微形态菌丝1-4 μm、产孢瓶梗（8-）10-30（-35）×2-4（-5）μm圆柱至微瓶形、分生孢子单细胞椭圆（2.5-）3-8（-9）×（1.5-）2-3（-4）μm；有性态子囊壳黄至橙黄150-250 μm、子囊8孢子、子囊孢子双胞（6-）7-12（-14）×（2.5-）3-5（-6）μm；以淡粉菌落+黄质子囊壳+短瓶梗+单细胞椭圆孢子组合区别于C. kunmingensis（淡黄菌落、长圆柱孢子、无性态未知）、C. rhizophaga（瓶梗更长15.6-48.2 μm）、C. chloroleuca（绿色孢子团）。

讨论部分指出，ML与贝叶斯双框架一致支持、四基因座GCPSR主导一致且TUB2低支持冲突不颠覆假说、序列差异与形态诊断互证，构成该谱系立种坚实依据；表型在菌落色素、子囊壳大小、孢子量度上的株间变异归为肉座菌目常见可塑性而非分种依据；生态上自菜豆秸秆分出契合该属木质纤维素残体定殖倾向，同区先前已报该谱系具纤维素酶活，但不可外推其生防或酶工属性需独立验证；地理仅限模式点，不宜判为特有或濒危，需跨年度复采明确分布。结论部分译文如下：本研究整合分析支持将Clonostachys allendensis sp. nov.立为肉座菌科内独立种；分区ML与贝叶斯均恢复RC2-RC5-RC7为强支持谱系，区别于C. rhizophaga、C. chloroleuca、C. kunmingensis；单基因座呈部分家系一致（四基因座独占、TUB2无强冲突姊妹关系）；五基因座序列分化与诊断形态提供补充证据。自平托菜豆秸秆发现该种拓展墨西哥半干旱农残真菌多样性认知，但单点分布不等同特有；其木质纤维素酶活提示潜在生技价值仍待实验确证。整体彰显形态-多基因-家系-序列整合在丛梗孢属分种中的效用。