芍药是青藏高原的代表性反刍动物，然而在不同饲养方式下，其肠道微生物功能潜力和胆汁酸谱的差异仍不够明确。实验选取了6只健康成年雄性牦牛（体重约为320 ± 30公斤），将其分别分为放牧组（G）和圈养组（S），每组3只，实验为期90天，包括10天的适应期和80天的正式实验期。以个体牦牛为实验单位，从同一只动物身上采集不同肠道段的样本进行重复观察。通过靶向胆汁酸代谢组学和宏基因组学技术分析了肝脏组织以及十二指肠、回肠、盲肠和结肠的内容物。基于Bray-Curtis差异性的主坐标分析表明，微生物群落存在与肠道段相关的聚集现象，其中PCo1和PCo2分别解释了65.5%和18.9%的总变异。ANOOSIM分析显示肠道段对微生物群落组成有显著影响（R = 0.2208，BH-FDR = 0.0144），而整体饲养方式的影响则不显著（R = 0.3747，BH-FDR = 0.1200）。在各个肠道段中，Shannon、Simpson、Chao1和ACE指数均未检测到饲养方式之间的统计学差异（BH-FDR ≥ 0.800），PERMDISP也未发现组内分散度的显著差异（BH-FDR ≥ 0.1682）。Bacillota和Bacteroidota是主要的微生物门类。功能分析显示，放牧组的回肠中GH2（0.0035 vs. 0.0026）、GH3（0.0029 vs. 0.0024）和GH43（0.0021 vs. 0.0013）的丰度较高；而与淀粉相关的GH13家族在圈养组的结肠中丰度最高。这些宏基因组学特征反映了微生物的预期基因组功能潜力，而非基因表达、酶活性或代谢通量。盲肠总胆汁酸浓度在两组间存在统计学差异（未经调整的Welch’s p值 = 0.0109），但在五个解剖部位进行校正后差异不再显著（BH-FDR = 0.0545）。圈养组的结肠中结合型胆汁酸与游离型胆汁酸的比例以及次级胆汁酸与初级胆汁酸的比例均低于放牧组（BH-FDR < 0.05）。预测的微生物功能谱中观察到了与饲养方式相关的差异，而统计学上显著的组间差异主要局限于某些结肠胆汁酸比例。由于动物样本量有限，这些发现应被视为探索性结果。
