综述：回复：关于异翅科和乌门科在……中系统发育分析的澄清

《Earth-Science Reviews》：Reply to : Clarifying the phylogenetic analyses of Alienopteridae and Umenocoleidae in

　　摘要张（2026）指出罗等（2022）中关于系统发育分析的记录与呈现存在缺陷。因此，我们重新检查了已发表的数据矩阵、张（2026）所存档的数据与脚本，新近恢复的原始分析文件，以及NONA与WinClada的原始版本。存留文件证实了历史上那组195棵最简约NONA树的存在，而我们重新运行的分析再现了所报告的TNT结果，即50棵最简约树，二者长度均为90步。然而，这些树集合只是全部最优树的完整集合中不完整的样本。我们也承认，罗等（2022）图S2中的拓扑结构无法从存留的树文件中按所声称的严格共识树予以重现，而是与已保存NONA树的多数规则总结高度一致。所报告的隐含加权下10棵树，以及罗等（2022）图10和图S2中所有数值支持标签的确切来源，无法从存留文件中重构。在隐含加权下以K=3进行的扩展独立搜索，以最佳得分为6.52143恢复了225棵最优树，与张（2026）一致。然而其严格共识树仍将Alienopteridae与Umenocoleidae恢复为互为单系姐妹群，而等权与隐含加权分析均将Alienoptera恢复为Mantodea的姐妹群。我们还澄清，某些表面上的特征编号差异源于零基数与一基数编号并存，同时接受对特征优化所作的若干更正。因此，罗等（2022）中的若干分析细节、支持值与解析度论断需要更正，但该研究对Alienoptera的系统发育位置及主要生物学结论并未被推翻。引言我们感谢张（2026）重新审视了罗等（2022）中的系统发育部分，并提供了重新分析的脚本与输出结果。一项系统发育分析应当以足够的细节加以描述，以便能够独立复现，无论它是否是一篇论文的主要焦点。我们同意，原有的方法学描述过于简略，且正文与补充材料中的部分标签与表述不够精确。罗等（2022）的主要内容是综合Alienopteridae与Umenocoleidae的化石记录、形态学、幼期、功能生物学、拟态、可能的传粉生物学、古生物地理学及演化历史。系统发育分析旨在为这一综合提供演化框架。张（2026）专门针对该框架，并得出结论认为其主要结果与解释无法复现。收到张（2026）之后，我们审计了已发表材料，检查了伴随张（2026）的完整Figshare存档，在TNT中重新运行了已发表矩阵，并检查了随后从用于分析所用计算机中恢复的原始文件。本篇回应区分了三个不应混淆的问题：1. 所报告的原始树文件与得分是否能够被恢复，并与已发表矩阵相互调和；2. 原始的搜索、共识、支持与特征优化描述是否完整且正确；以及3. 在进行更为穷尽且完全记录的分析时，主要的系统发育结论是否仍然成立。章节片段材料与分析审计数据集为罗等（2022）发表的、涵盖39个末端的56个形态学特征的矩阵。该矩阵综合了直接观察以及形态学文献与罗等（2022）及注释S2中所引用化石研究的特征信息。张（2026）未更改矩阵中的任何单元格，且张（2026）与我们的审计均未发现任何需要重新编码的矩阵数值项。我们检查了已发表的WinClada工程、原始TNT矩阵，以及注释S2中详细的特征描述。等权所报告的TNT结果——90步的50棵最简约树——是可复现的。原始样式的搜索在树缓冲区被填满时明确终止。因此，50这个数字是由搜索与存储设置决定的一个保留子集，而非最优拓扑的完整数量。恢复出的NONA保存状态文件包含195条保存的树表达式，对应罗等（2022）所使用的同一56特征×39末端矩阵，从而提供了直接……特征编号、描述与优化WinClada工程中的若干缩略状态标签与注释S2中较完整的定义并不完全一致，尤其是特征5、8、11和17。注释S2提供了预期的生物学定义，而矩阵中的标签仅为便于显示而作缩写。这些标签本应保持一致，但这种呈现上的不一致并不改变此处比较的搜索，因为所有分析使用的都是同一数值矩阵且未经重新编码。我们的特征映射重现了……对罗等（2022）结论的影响我们在四个实质问题上与张（2026）一致：1. 原始的树搜索设置记录不充分；2. 所报告的50棵与195棵树的数量需要结合相关的存储与搜索设置才能正确解释，而历史上10棵隐含加权树的数量无法从存留文件中重构；3. 图S2无法从存留的树文件中按所声称的严格共识树予以重现；以及4. 支持标签及若干特征优化……结论张（2026）促成了一次对原有分析的有益重构，并指出我们予以承认的报告性错误。原始的195棵NONA树集合可以被恢复为90步的最优树，而所报告的TNT结果——90步的50棵最优树——在相应的搜索与存储设置下可以复现；两者均仅代表全部最优树集合中不完整的保留子集。罗等（2022）的图S2无法从……中按严格共识树予以重现。作者贡献C.L.：负责本回应的调研与形式分析、验证、数据整理、可视化以及原稿撰写。R.G.B.：负责原始特征状态矩阵的制定与原始系统发育分析的实施，提供原始文件、解释，以及撰写——审阅与编辑。B.W.：撰写——审阅与编辑。利益冲突声明作者声明，他们不存在任何已知的竞争性财务利益或个人关系，这些利益或关系可能被视为影响本文所报告的工作。致谢我们感谢Guoyi Zhang提供了重新分析的脚本与输出结果，这便利了本次重新评估；同时感谢Alessandra Negri促成此次科学交流。本研究由国家自然科学基金（项目编号42125201和42602006）资助。Cihang Luo|Rolf G. Beutel|Bo Wang中国科学院南京地质古生物研究所 古生物学与地层学国家重点实验室，中国南京