鲑鱼类鳃微生物组荟萃分析：影响因素解析、疾病多样性变化与核心有益菌群

《Animal Microbiome》：Environmental and host-associated factors are the main determining factors for the salmonid gill microbiome

　　摘要鳃健康是水产养殖中的重大问题，而鳃微生物组在鲑鱼类鳃健康中的作用已成为一个日益增长的研究主题。要建立鳃微生物群在鲑鱼类健康中的作用，必须理解环境因素和鱼类相关因素在塑造鳃微生物组中的重要性，同时也要考虑技术因素，如采样方法和DNA提取方法。我们对所有公开的鲑鱼类鳃微生物组研究进行了荟萃分析，探讨了各因素的相对贡献。我们重新分析了20项研究，包含大西洋鲑、虹鳟和北极红点鲑的804份高质量鳃样本，以确定哪些因素能显著解释变异，以及哪些微生物属与特定因素相关，并随后对400份鳃和环境样本进行了分析，以寻找跨研究的鳃特异性微生物特征。我们发现，研究特异性因素是最大的解释因素，其次是养殖系统和物种，而其他因素均不显著。跨研究发现，疾病导致微生物多样性显著降低。最后，我们发现鲑鱼类共享多个核心属，包括有益的氮循环细菌，这些细菌在所有养殖系统中均有广泛分布。我们的研究结果支持有必要采用更标准化的采样和提取方法，以在寻找健康或疾病生物标志物时最小化研究特异性因素的影响。然而，我们也表明，尽管大多数变异来自研究特异性效应，但在鲑鱼类鳃微生物群中仍可发现疾病（微生物丰富度降低）的共享特征以及潜在的有益微生物。