整合MeRIP-seq和RNA-seq分析鉴定军垦肉羊发育过程中毛色转变期的候选m6A相关基因

《BMC Genomics》：Integrated MeRIP-seq and RNA-seq analyses identify candidate m6A-associated genes during developmental coat color transition in Junken meat sheep

　　

摘要

军垦肉羊经历从出生时黑色毛皮到约179日龄时白色体毛皮的发育性毛色转变，但相关的表观转录组特征仍不清楚。本研究使用三只新生儿黑色毛皮羔羊和三只179日龄白色毛皮羔羊的皮肤样本，进行了MeRIP-seq与RNA-seq整合分析。m6A峰主要富集在CDS区域和终止密码子附近，两组均检测到经典的GGACU基序。在三组配对比较中，鉴定出1,273–1,716个差异m6A峰和400–1,657个差异表达基因。功能富集分析突出了与毛囊发育、表皮形态发生、细胞外基质重塑、黏着斑以及Wnt、TGF-β、PI3K-Akt、Notch和黑色素生成相关通路相关的生物学过程。整合分析揭示了依赖于比较组的m6A–表达偶联模式，包括C11与C1比较中的高甲基化–下调模式，以及C22与C2和C33与C3比较中占主导地位的低甲基化–上调模式。候选m6A相关基因，包括FZD7、GAS1、COL4A1、PXDN、LAMC3、ARID1A、FA2H和RAPGEFL1，被优先筛选，qRT-PCR结果支持了部分基因在RNA-seq中的表达趋势。鉴于日龄与毛色阶段之间存在混杂因素，这些发现代表了与发育性毛色转变相关的候选分子特征，为未来m6A位点验证和功能研究提供了基础。