高危子宫内膜癌中蛋白质组学肿瘤程序超越临床与基因组学分类器预测致死风险

《npj Precision Oncology》：Proteogenomic profiling defines progression-associated biology in high-risk endometrial cancer

　　

摘要

尽管采用了多模式治疗、分子分类和现代诊疗手段，高危子宫内膜癌（HR-EC）患者仍面临较高的死亡率。我们旨在确定蛋白质组学肿瘤程序能否捕捉到超越既定临床和基因组学分类器的致死风险，并为转化研究提供依据。我们对 274 名接受治愈性治疗并经过长期随访的 I-III 期 HR-EC 患者的存档福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）原发肿瘤进行了整合的临床、基因组和定量蛋白质组学分析。分子分型、临床基因组学风险建模以及蛋白质组学分析评估了这些因素与子宫内膜癌（EC）特异性死亡和疾病进展之间的关系。我们开发了一种用于预测疾病进展的蛋白质组学风险评分，并在 73 名独立的 HR-EC 患者中进行了验证。在非-POLE 肿瘤患者中，TCGA 分子亚型及 TP53 突变状态并未显著区分疾病进展或 EC 特异性死亡率。临床基因组学分类和回归树分析识别出具有不同预后的不同风险组。在调整了临床病理特征和分子亚型后，定量蛋白质组学分析识别出可重复的肿瘤程序，这些程序与致死性结局独立相关。半监督蛋白聚类能够区分浆液性癌或 3 级子宫内膜样癌的高进展风险与低进展风险。蛋白质组学风险评分在训练组、测试组和独立队列中有效区分了进展风险，并重现了不良的蛋白质组学生物学特征。蛋白质组学的整合应用改善了预后风险分层，值得在 HR-EC 中进行进一步的验证和转化研究。