针对三阴性乳腺癌的AKT1–CTCFL多表位分子的重新评估与受限性重新设计：一项基于假设生成的免疫信息学研究

《Scientific Reports》：Reassessment and constrained redesign of an AKT1–CTCFL multi-epitope construct for triple-negative breast cancer: a hypothesis-generating immunoinformatics study

　　

摘要

计算多表位构建需要选择与疾病相关的目标、进行HLA预测、评估接头区域以及进行保守的结构分析。为了重新评估最初的AKT1–CTCFL TNBC（三阴性乳腺癌）研究方案，并进行受限的、可重复的序列重新设计，研究人员在包含158个TNBC肿瘤、766个非TNBC肿瘤、113个TCGA（肿瘤基因组学数据库）中的相邻正常组织和179个GTEx（吉托克斯人类基因组表达数据库）中健康乳腺样本的40基因受体验证表达面板中评估了AKT1和CTCFL的表达情况。使用NetMHCpan 4.1 BA和NetMHCIIpan 4.1 BA重新评估了锁定肽组。测试了所有120种CTL（细胞毒性T细胞）序列组合和33种间隔序列组合，扫描了所有26个最终接头区域，导入了官方的一类/二类/组合群体覆盖率报告，并使用ColabFold对最终序列进行了建模，然后通过pLDDT、PAE和DSSP等方法进行了评估。结果显示，AKT1和CTCFL均未表现出在TNBC中的富集现象：AKT1在TNBC中的表达水平低于非TNBC肿瘤；而CTCFL仅在1.27%的TNBC肿瘤中检测到表达，且其表达水平低于两种正常对照组。最终的264个氨基酸序列保留了18种一类限制位点、7种二类关联位点以及所有5个CTL（细胞毒性T细胞）段落和5个HTL（辅助T细胞）段落。匹配的多等位基因强接头肽的数量从42个减少到7个（减少了83.33%），但仍然存在一定的接头风险。该序列的一类覆盖率约为60.15%，工具支持的二类子集覆盖率约为34.44%，总覆盖率约为73.87%。模型的平均pLDDT值为47.84 ?，平均PAE值为26.98 ?，71.21%的残基满足pLDDT < 50的要求；87.12%的残基被分类为卷曲/转折结构。不支持的TLR4（toll样受体4）对接、分子动力学模拟及C-IMMSIM分析结果已被撤回。SPACER_combo_028仅仅是一个基于序列定义的假说，并非经过验证的TNBC疫苗。其设计目标需要重新考虑，实验验证、T细胞反应、安全性以及抗肿瘤效果的测试都是必不可少的。