早期及复发性乳腺癌中基于超敏感结构变异检测的纵向ctDNA追踪：来自TRACER研究的扩展分析

《ESMO Open》：Longitudinal ctDNA tracking in early and recurrent breast cancer using an ultrasensitive structural variant-based assay: an extended analysis from the TRACER study

　　

背景：治愈性意向治疗后的循环肿瘤DNA(ctDNA)检测对早期乳腺癌(EBC)疾病复发具有预后价值。此前一项基于超敏感结构变异(SV)的ctDNA检测在100例接受新辅助治疗的EBC队列中展现出高灵敏度、高特异度及较长复发前导时间，但原发性肿瘤特异性SV在转移复发时及之后的稳定性及其对长期ctDNA监测的效用尚未确立。患者与方法：研究人员在扩展至121例接受新辅助治疗的EBC队列中开展更新回顾性分析，于关键临床时间点及部分转移复发患者中以系列血浆样本评估ctDNA动态，并从病历提取临床变量，分析早期与转移场景下ctDNA检测、动态与临床结局的关联。结果：中位随访4.2年（范围0.5-8.8年）内30/121例出现临床复发（28例远处、2例局部）；辅助期ctDNA可检出者全部发生转移复发（22/22），ctDNA检出至转移复发中位前导时间346天（范围0-1937天）；复发者中原发肿瘤特异性SV（肿瘤分数≥0.1%）79%仍可在血浆检出（范围7%-100%，中位92%）；复发转移场景中ctDNA动态与影像结局高度一致（n=9）。结论：该SV数字化PCR(dPCR)检测在扩展EBC队列中提供超敏感ctDNA检出，对转移复发维持100%阳性预测值；复发患者中ctDNA动态与影像一致；有必要开展前瞻性研究评估纵向ctDNA监测的临床效用。

研究背景与立项依据：在早期乳腺癌(EBC)治愈性意向治疗后，循环肿瘤DNA(ctDNA)检出已被多项研究证实为疾病复发的强预后因子，且超敏感检测（肿瘤分数tf<0.01%）仍具预后意义。结构变异(SV，>50 bp的基因组重排包括缺失、重复、倒位、易位)因 breakpoint 高度患者特异、常早于驱动事件出现且多属乘客事件，有望作为跨治疗全周期的稳定基因组指纹。然而SV断点在系统治疗选择与克隆演化下的稳定性、以及SV基液体活检能否可靠追踪至转移期，此前未充分表征；同时真实世界中ctDNA与影像（尤其不确定病灶）的互补关系也缺乏标准化关联分析。为此，研究人员在TRACER真实世界队列基础上扩展至121例、延长随访并纳入转移期系列采样，系统评估基于肿瘤信息(tumor-informed)的SV数字化PCR(dPCR)检测（LoD95=5.2 ppm）在全疾病连续体中的临床效度。该文发表于《ESMO Open》。

主要技术方法概括：研究采用单中心（多伦多Princess Margaret癌症中心）前瞻性入组、回顾性分析的TRACER队列（NCT03702309），纳入121例各受体亚型EBC（ER+/HER2? 42、TNBC 34、HER2+ 45），血浆于基线、新辅助中、围手术期、辅助期每6-12月及转移期影像再分期±30天内采集（共767份，其中早期719、转移48）；使用Pathlight?/FoundationOne?MRD（F1MRD）个性化SV-dPCR指纹（每例中位验证14个SV）进行检测，厂家对更新临床结局设盲；影像由放射科盲于ctDNA结果判读并归类不确定灶；统计采用Kaplan–Meier、log-rank、Simon–Makuch时间依赖曲线、Cox计数过程模型及Poisson回归，无多重校正。

研究结果：

参与者特征：121例中位随访4.2年，23例远处复发（ER+/HER2? 12、TNBC 8、HER2+ 3）。

(新)辅助期ctDNA检测：早期719份血浆43%检出ctDNA，tf范围0.00003%-38.7%，40%位于超敏感区（<100 ppm）。

新辅助ctDNA动态与临床结局：按最大tf降幅分层，未清除者远处复发风险显著升高（DRFI HR 4.92，RFI HR 3.68）；时间依赖模型显示清除关联改善DRFI（HR 0.20）与RFI（HR 0.26），TNBC亚组信号最强，HER2+因事件稀疏不可靠估计。

辅助期ctDNA检测与复发：辅助期任意检出对远处复发的灵敏度95%、特异度100%、PPV 100%、NPV 99%；首次检出tf分级（≤0.01% vs >0.01%）呈梯度风险，tf越高距复发越短；两例HER2+术后低tf（0.0031%、0.00003%）经抗HER2辅助治疗后持续清除且>5年无复发。

症状驱动影像与ctDNA关联：复发者影像检查率（IRR 2.14）及不确定灶率（IRR 3.31）均显著高于未复发者；7例配对分析中4例ctDNA阳性而影像阴性（含终复发部位），符合“真分子残留病灶(true MRD)”定义。

转移期SV基ctDNA监测：9例转移期系列监测（48份血浆，83%检出）显示ctDNA定量与标准影像再分期一致，治疗响应期陡降、耐药前分子进展（ctDNA上升）先于影像进展。

SV在治疗全程的稳定性：17例tf≥0.1%复发者可评估，原发SV中位保留92%（均值79%，范围7%-100%），SV类型比例自基线至复发基本不变，转移治疗中未清除者单个SV持续可检。

讨论总结：研究证实SV-dPCR在受体各亚型均具高基线检出，克服传统SNV法在ER+/HER2?低脱落场景的劣势；新辅助清除态是最优预后层；辅助期超敏感阈值与前导时间（中位346天）支持前瞻性监测；首次以tf量化分级提供超越二值检出的预后精度；ctDNA可解算影像不确定灶并定义true MRD；转移期同一原发指纹仍可追踪，SV作为乘客事件耐受治疗选择压，生物学上支撑其纵向稳定性。局限为回顾性、单中心、采样非标准化、转移样本量少及随访对激素受体阳性晚期复发可能不足。

结论翻译：本TRACER扩展分析增补了支持乳腺癌超敏感ctDNA监测临床效度的证据体。所用SV基dPCR方法在各受体亚型提供高灵敏度、辅助期稳健特异度，并允许自诊断至转移病期纵向应用单一肿瘤衍生分子指纹。数据支撑SV作为稳定、肿瘤特异性生物标志物的生物学理据，并为前瞻性临床试验奠基，以评估ctDNA指导策略能否改善早期及复发性乳腺癌患者结局或诊疗实施。

M.J. Elliott, J. Roh, T. Bird, M. Li, M.B. Nadler, E. Amir, V. Kumar, C. Yu, M. Alcaide, S. Birke?lv, V. Hafstad, E. Gray, E.C. de Bruin, W. Levin, L.L. Siu, P.L. Bedard, H.K. Berman, K. Howarth, D.W. Cescon（多伦多大学Princess Margaret癌症中心）。