剑尾蟋蟀 *Laupala kohalensis*（Otte, 1994）的改进基因组资源

《Journal of Heredity》：Improved Genomic Resources for the swordtail cricket, Laupala kohalensis Otte 1994

　　

摘要

基因组学工具（如二代和三代测序技术）的进步，结合对代表性类群的关注，为我们洞察适应、混合和基因组结构等过程如何塑造物种的演化与维持提供了见解。然而，我们对物种形成基因组学的理解主要局限于那些生态适应被认为导致初始基因交流屏障的系统。与其他模式系统相比，树蟋属（Laupala）的 38 个物种构成了一次非常快速的辐射演化，其中生殖隔离的演化和物种形成被认为是由性选择驱动的。在此，利用新型 PacBio HiFi 读数以及 RNA-Seq 和 Iso-Seq 数据，我们为夏威夷特有种树蟋，Laupala kohalensis Otte, 1994，提供了一个高度连续、染色体水平的基因组以及显著改进的注释。我们的新资源推进了先前的工作，在 1.67 Gb 的组装中，将 47 个支架中的 99% 定位到 7 条常染色体和 1 条性染色体上，BUSCO 评分为 98.8%（insecta_db10），N50 约为 268 Mb，L50 为 3。使用定制的重复序列库，我们估计该基因组的重复含量为 46.09%，新的注释包括估计增多的 17,670 个基因，这与已知其他直翅目昆虫的情况相符。值得注意的是，我们在 7 号染色体上发现了一个大的线粒体起源的核 DNA 片段。这一新资源提供了一个强有力的工具，用于识别和比较以强烈的性别分化特征为标志的系统中表型多样化的基因组原因，这代表了一个被低估但潜在普遍的物种形成原因。