基于大肠杆菌HU蛋白的非序列特异性通用双链DNA检测方法

《IEEE Transactions on NanoBioscience》：Repurposing the Escherichia coli HU as a Universal dsDNA Amplicon Detection Tool

　　

摘要：

DNA结合蛋白以序列特异性方式或非序列特异性地无差别方式与DNA相互作用。虽然这些特性使它们对于检测开发非常有吸引力，但作为DNA生物识别元素的使用一直有限。在本研究中，我们描述了一种新的应用，使用非序列特异性的大肠杆菌组蛋白样HU蛋白进行一般DNA检测。我们工程化了单链HU异二聚体（scHupBA），它对双链DNA（≥50 bp）表现出高结合亲和力，而对单链DNA的亲和力明显较低。通过将这种蛋白与scHupBA-辣根过氧化物酶偶联物结合，我们开发了一种检测方法，能够使用微孔板和磁珠检测PCR扩增产物，无论是在纯化后还是在PCR反应中直接检测。该系统能高效检测>100 bp的DNA片段，无论其序列如何，检测信号随片段长度非线性增加。据我们所知，这是首次报道使用非序列特异性双链DNA结合蛋白进行一般DNA检测。本文描述的方法是目标非依赖性的，不需要任何引物修饰或标记，也不需要使用昂贵的试剂。这是一种整体性价比高、有效的方法，用于通用dsDNA扩增产物检测，特别是用于扩增反应的快速分析。