中国广东省圈养鹦鹉中鹦鹉borne病毒的流行病学特征与遗传多样性研究

《BMC Veterinary Research》：Molecular epidemiology of parrot bornaviruses in Guangdong, China: co-circulation of three genotypes in captive parrots

　　

摘要

背景

前胃扩张症（PDD）是鹦鹉科鸟类一种严重的神经和胃肠疾病，鹦鹉 borne 病毒（PaBV）已被确认为与 PDD 相关的重要病毒。鹦鹉被广泛作为伴侣动物饲养，并经常保存在救援中心、动物园、育种场和宠物贸易场所，其中鸟类之间的密切接触和圈养鹦鹉的频繁流动可能会促进病毒传播。尽管已知 PDD 对鹦鹉健康的重要性，但中国圈养鹦鹉群体中 PaBV 的流行病学特征，包括其患病率、遗传多样性和基因型分布，仍缺乏深入了解。因此，我们结合了选定混合样本的病毒宏基因组分析与个体水平的 RT-PCR 筛查，以表征鹦鹉病毒组，评估 PaBV 阳性情况，并调查中国广东省圈养鹦鹉中检测到的 PaBV 菌株的遗传多样性。

结果

在 1,829,113 个病毒读数（占总数数的 0.40%）中，鉴定出 25 个病毒科，包括 嗜肝 DNA 病毒科、微小病毒科 和 冠病毒科。组装产生了 97 个过滤后的病毒重叠群，其中 65 个被注释为 PaBV。在 442 只个体鹦鹉中，14 只对 PaBV 呈阳性，总体阳性率为 3.17%。所有 PaBV 阳性鸟均为来自江门市的死亡鹦鹉，占检测的死亡鹦鹉的 25.0% (14/56)。全基因组扩增鉴定出 1 株 PaBV-2，3 株 PaBV-4 和 4 株 PaBV-5，它们之间的成对核苷酸同一性范围从 64.6% 到 100%。系统发育分析显示，鉴定的 PaBV-2、PaBV-4 和 PaBV-5 菌株与来自奥地利、中国、台湾和泰国的参考菌株聚在一起，核苷酸相似度范围从 63.4% 到 99.6%。

结论

这些发现为单一圈养鹦鹉设施内多种 PaBV 基因型在农场层面的共循环提供了证据，强调了采取针对性措施预防和控制 PaBV 传播的必要性，从而支持圈养和濒危鹦鹉种群的健康和保护。