西藏桑桑牦牛全基因组群体遗传结构与适应性进化分析

《BMC Genomics》：Genomic characterization of Sangsang yak reveals its genetic divergence from other yak populations

　　

摘要

背景

牦牛（Bos grunniens）是青藏高原及周边高海拔地区的代表性家畜，主要分布在海拔3000米以上的青藏高原及其相邻的高山和亚高山区域。牦牛为人类提供肉、奶、皮、毛及役用等多种资源，是高原牧民重要的生计和经济支柱，也是当地畜牧业经济不可或缺的组成部分。桑桑牦牛是西藏桑桑地区特有的本地品种。本研究旨在阐明其群体遗传结构和演化关系，这对品种资源保护及优良性状的开发利用具有重要意义。

结果

主成分分析（PCA）结果显示，桑桑牦牛在第一和第二主成分上与其他牦牛群体明显分离，表现出相对独立的遗传结构，这一结果得到了NJ系统发育树的进一步支持。尽管群体结构表明存在遗传分化，但全基因组外群分析未获得通过严格多重检验校正的区域。因此，所有检测到的基因组外群均被定义为纯提示性候选区域。这些位点可能与桑桑牦牛的潜在适应性特征有关，包括高海拔耐力和免疫适应。KIT基因被鉴定为所有比较组中共同的提示性候选位点。这一发现提出了桑桑牦牛可能具有独特的免疫相关适应性特征这一假设。

结论

本研究采用全基因组测序与群体遗传分析相结合的综合方法，系统调查并阐明了桑桑牦牛的群体结构和演化特征。尽管经过严格多重检验校正后没有基因组区域达到统计显著性，但我们获得了多个可能与高海拔耐力和免疫功能相关的提示性外群。本研究为桑桑牦牛遗传资源的科学保护和合理利用提供了关键的基因组学见解。