印度牛乳腺炎相关马立菌属鼠李球杆菌的基因组表征：耐药组、毒力组及系统发育多样性

《Scientific Reports》：Genomic characterization of Mammaliicoccus sciuri associated with bovine mastitis in India: resistome, virulome, and phylogenetic diversity

　　

摘要

鼠李葡萄球菌（Mammaliicoccus sciuri，曾用名 Staphylococcus sciuri）是一种新兴的机会性病原体，与牛乳腺炎相关，并且是公认的抗微生物耐药性基因库。然而，来自印度的区域特异性基因组数据仍然有限。本研究对印度南部卡纳塔克邦乳腺炎相关的M. sciuri分离株进行了全面的基因组表征。共筛查了54头泌乳奶牛（216份乳房区乳汁样本），其中26.85%（58/216）乳腺炎呈阳性。鉴定出6株M. sciuri分离株，并进行了抗微生物药敏试验和全基因组测序。所有分离株（100%）均对青霉素耐药，而50%（3/6）的分离株表现为头孢西丁耐药。所有6株分离株均携带mecA基因，但只有其中3株（50%）表现出对头孢西丁的表型耐药，显示出表型与基因型的不一致性。全基因组分析揭示了多样化的耐药组。β-内酰胺类耐药基因mecA和林可酰胺类耐药基因sal(A)在100%（6/6）的分离株中被检测到，而blaZ基因在66.7%（4/6）的分离株中被鉴定出来。大环内酯类耐药基因mph（C）和甲氧苄啶耐药基因folA/dfr在83.3%（5/6）的分离株中被检测到，而sdrM和sepA在50.0%（3/6）的分离株中被鉴定出来。外排相关基因（norA）存在于33.3%（2/6）的分离株中。在测试的9种抗生素中，耐药谱范围为11.11%至44.44%，其中33.3%（2/6）的分离株被归类为多重耐药。毒力相关基因如clpP在100%（6/6）的分离株中被检测到，而黏附相关基因（clfB、sdrE）和荚膜相关基因（cap8B、cap8D）分别在66.7%（4/6）和50%（3/6）的分离株中被鉴定出来。包括BceABR和LiaFSR相关基因在内的调控系统，在分离株中广泛分布，其中liaF、liaR和liaS在5/6的分离株（83.3%）中被检测到，提示具有适应性应激反应潜力。系统发育分析显示，所分析的6株M. sciuri分离株分布在多个系统发育谱系中，提示本研究中纳入的分离株存在遗传多样性。这些发现为印度南部乳腺炎相关的M. sciuri分离株提供了基因组学见解，并支持在抗微生物耐药性监测计划中，采用"健康一体"视角继续对该物种进行基因组监测。