摘要
短DNA条形码可能有助于从降解材料中恢复序列，但它们在不同基因组区域中保留目标科身份同时排除相关类群的能力有所不同。我们利用279,956条NCBI位点-记录匹配数据和一个登录号不相交的发现/测试设计，对菊目11个科的16个核基因、质体及线粒体标记区域进行了计算评估。31个长度为50–200 bp的候选片段（平均长度98.55 bp）在发现数据中进行了筛选，并评估了其在菊科内部的序列召回率、与非菊科菊目类群的区分度、模拟引物行为、系统发育定位以及在808个元数据定义的宏基因组样本中的探索性匹配。matR和rbcL等保守区域显示出菊科内部的高相似性，而ITS1、ITS和trnH–psbA则表现出与相关科背景之间较大的差异；ITS2和ycf1表现出中等特征。在片段特定的最大似然分析中，候选片段被定位在菊科参考分支内部或其紧邻位置，尽管支持度和拓扑结构在不同区域间存在差异。元数据定义的目标包含组的平均查询覆盖率和相似性高于背景组；由于目标的存在未经独立验证且未拟合分类器，这些比较仅为描述性，并未估计诊断准确性。定义上关联的序列统计量被解释为结构性关联，而非因果进化机制的证据。这些结果为菊目内菊科检测的候选短片段提供了科水平的计算比较。物种鉴定、操作性标记组合、阈值稳健性及实验室性能仍需使用分类学密度高、具有凭证标本关联且经实验表征的数据集进行验证。
