背景：现代蛋白质组学面临关键瓶颈：人类基因组基因数量与真正驱动生物过程的功能性蛋白质型（proteoform）种类之间存在巨大差距。方法：论文关注高分辨率系统绘制这些蛋白质型的迫切需求，认为分子生物学真正前沿在于蛋白质变体的精确鉴定与分类。其核心是基于“2DE-pattern”数据库的发展与扩展，该平台旨在通过二维电泳（2DE）捕获蛋白质物理现实，数据库信息由2DE分离蛋白质型后接shotgun ESI LC-MS/MS获得。该库2020年启动，包含多个以异构体为中心的蛋白质型模式，可免费使用。结果：研究人员报告了加入数据库的新增数据与所有更新，数据库升级为更面向研究，并集成工具以便便捷比较分析数据。结论：新增内容与增强功能使该数据库可被视作知识库。
研究背景方面，蛋白质组学在深入解析与大量蛋白质型相关的蛋白质异质性时，信息量迅速增长，存储与利用这些信息的需求突出。已知开放数据库如NCBI、ExPASy旗下的NeXtProt与UniProt、Human Protein Atlas、Proteoform Atlas、PRIDE、PeptideAtlas等各具基础，但SWISS-2DPAGE已停用。二维凝胶电泳（2DE，two-dimensional gel electrophoresis）可依等电点（pI）与分子量（MW）分离蛋白质型并直观存图，虽后续用bottom-up质谱，但整体被称为top-down integrative proteomics（自上而下整合蛋白质组学）。研究人员指出，真正瓶颈不是鉴定蛋白质，而是表征蛋白质型；因此建设以2DE原理组织蛋白质型模式（pattern）的“2DE-pattern”数据库具有补位价值。论文发表在《Proteomes》。
主要关键技术方法上，研究人员采用三种互补策略：经典/虚拟2DE，以实验凝胶或理论pI/MW加FASP定量构建图谱；sectional 2DE（分区2DE），将整块凝胶分96区、按MW维度1–12与pI维度A–H坐标消化鉴定不可见蛋白质型；semi-virtual 2DE（半虚拟2DE），仅按等电聚焦分离后再鉴定。样本队列来源包括胶质母细胞瘤细胞系Glia-L、人胚肺成纤维细胞LEH、肝癌细胞系HepG2、肝癌组织HCC及健康对照HCCCONTROL；鉴定流程含ESI LC-MS/MS与SearchGUI，要求每蛋白两个唯一肽段，用emPAI（exponentially modified protein abundance index，指数修正蛋白丰度指数）估丰度。
