基于 RNA 修饰相关程序性细胞死亡特征谱预测卵巢癌患者预后及免疫治疗

《Journal of Ovarian Research》：Based on RNA modification-related programmed cell death signature predicts prognosis and immunotherapy in patients with ovarian cancer

　　## 摘要### 背景卵巢癌（OC）是妇科最常见的癌症相关死亡原因。开发新的治疗策略以实现这种恶性肿瘤的有效长期疾病稳定至关重要。在本研究中，我们评估了卵巢癌中与RNA修饰（RM）和程序性细胞死亡（PCD）相关的预后基因，并通过富集分析和药物敏感性分析探讨了这些基因的潜在机制。此外，基于卵巢癌的单细胞RNA测序数据，我们进一步研究了这些基因与卵巢癌免疫治疗效果之间的关联。### 方法从公共数据库获取卵巢癌相关数据集，包括TCGA-OC、GSE63885和E-MTAB-8107。首先，进行加权基因共表达网络分析（WGCNA）以鉴定与RNA修饰相关的模块基因，并与差异表达基因（DEGs）和程序性细胞死亡相关基因（PCDRGs）取交集。随后，从TCGA-OC中101种机器学习算法中选出最优组合，并在GSE63885中进行验证。从该最优组合中进一步鉴定关键基因，计算其风险系数，利用风险评分公式构建风险模型。然后，基于Kaplan-Meier（KM）曲线选取总生存期差异显著的基因作为预后基因。最后，利用单细胞RNA测序数据集E-MTAB-8107探讨不同细胞类型中的表达水平并鉴定关键细胞。通过细胞间通讯和拟时间分析研究关键细胞的异质性。此外，收集临床样本，通过实时qPCR和免疫组化验证预后基因的表达。### 结果在TCGA-OC中，共筛选出122个候选基因，然后通过单因素Cox分析筛选出12个与预后相关的特征基因。随后，确定生存SVM（C-index = 0.607）为生成风险模型的最优组合。特别地，高危亚组预后更差。然后，鉴定出HERC1、TPCN2、EPHA2、CASP2和BLOC1S1为预后基因。在E-MTAB-8107中，共注释了12种不同细胞类型，成纤维细胞与单核细胞之间存在强烈的相互作用。在实时qPCR和IHC检测中，CASP2在卵巢癌组中的表达水平显著上调。### 结论综上所述，HERC1、TPCN2、EPHA2、CASP2和BLOC1S1被挖掘为潜在的治疗靶点，成纤维细胞被确定为卵巢癌中的关键细胞，这为卵巢癌的治疗提供了新的视角。