长非编码 RNA 表达谱揭示糖尿病角膜神经病变小鼠三叉神经节中的候选调控网络

《BMC Ophthalmology》：Long non-coding RNA expression profiles reveal candidate regulatory networks in trigeminal ganglia of mice with diabetic corneal neuropathy

　　

摘要

背景

本研究旨在鉴定糖尿病角膜神经病变（DCN）中差异表达的长链非编码RNA（lncRNA），并探索与DCN相关的候选调控网络。

方法

建立DCN小鼠模型，对对照小鼠和DCN小鼠的三叉神经节（TG）进行RNA测序。鉴定差异表达的lncRNA和mRNA，随后进行顺式靶标预测、基因本体（GO）富集分析、相关性分析，并构建与lncRNA相关的竞争性内源RNA（ceRNA）网络。通过qRT-PCR验证所选lncRNA的表达水平。

结果

RNA测序在DCN小鼠中鉴定出85个上调和127个下调的lncRNA，以及246个上调和223个下调的mRNA。顺式靶标预测鉴定出59对候选lncRNA–mRNA对，相应的蛋白编码基因主要与脂质代谢和自噬等生物过程相关。相关性分析进一步支持了候选顺式关联lncRNA–mRNA对内的协调表达。ceRNA网络分析表明，88个lncRNA可能通过与14个miRNA的相互作用与19个mRNA相关联。qRT-PCR证实了E230016M11Rik、Snhg1和Airn的差异表达，支持其作为DCN中进一步机制研究候选物的潜力。

结论

本研究鉴定了DCN中差异表达的lncRNA（DElncRNA），并提供了候选调控网络，可能为其分子基础提供新的见解并指导未来的机制研究。