整合转录组学分析鉴定出与菊苣根主要生物活性化合物相关的基因-miRNA调控网络

《Genes & Nutrition》：Integrated transcriptomic analysis identifies gene–miRNA regulatory networks associated with major chicory root bioactive compounds

　　

摘要

背景

菊苣（Cichorium intybus L.）是一种全球广泛使用的药用植物，其根部含有菊粉、果糖、绿原酸（CGA）和三萜内酯（STL）等生物活性化合物。这些代谢物是其促进健康功效的核心所在。本研究采用整合转录组学分析方法，阐明这些化合物在小鼠中所产生的遗传和分子机制。

方法

分析微阵列数据集（GSE150218和GSE190056），以鉴定差异表达基因（DEGs）、枢纽基因及相关的微小RNA（miRNAs）。采用基因本体（GO）富集分析、KEGG通路分析和蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络来表征其功能相关性。

结果

鉴定出不同的枢纽基因：Rps28和Rps2（菊粉），Rplp0、Cct2和Rps20（果糖），Mki67、Egfr和Pparg（STL），以及Socs2、Six2、Smtnl2和Gcsh（CGA）。通路富集分析显示与mRNA监视、PPAR信号通路、AMPK信号通路、核糖体及冠状病毒相关通路存在显著关联。此外，miRNA分析揭示了miRNA与枢纽基因之间强烈的预测调控相互作用，包括mmu-miR-204-3p（菊粉）、mmu-miR-17-5p（果糖）、mmu-miR-15a-5p（STL）和mmu-miR-142a-5p（CGA）。

结论

综上所述，这些发现揭示了与菊苣根主要生物活性化合物相关的分子通路和调控相互作用，为未来的机制研究提供了基础。需要实验验证以确认这些预测的调控网络。

图形摘要