细胞外囊泡转录组共享microRNA家族梯度主要由结合度混杂而非ceRNA竞争驱动

《Biology Direct》：Most shared microRNA family coexpression in extracellular vesicle RNA cargo is binding degree and the residual is neither family specific nor vesicle specific

　　细胞外囊泡（EV）转录组被广泛用于构建竞争性内源RNA（ceRNA）网络。在这些网络中，一种RNA被认为通过与其他RNA竞争相同的microRNA，从而使其免受microRNA的抑制。这些网络建立在一个观察之上，即共享更多microRNA家族的转录本对之间共表达更强，并将其解读为竞争。动力学理论预测了相同的模式，但也表明共享的microRNA池可以在没有竞争的情况下使两个转录本相关联。这两种机制中哪一种是EV货物中该模式的驱动因素尚未经过测量。虽然已存在调整ceRNA推断以校正混杂因素的方法，但在一百零一项已索引的EV或外泌体ceRNA网络研究中，没有任何一项报告对其边进行置换检验或零模型检验。因此，本研究测量了共享家族梯度中有多少部分源于结合度，以及在严格匹配后有多少部分得以保留，此前在EV货物中尚未做过此类研究。我们使用了exoRBase数据库中2125个血液EV和125个尿液EV样本的档案数据，以及一个独立的神经退行性疾病血浆EV队列。共享至少K个microRNA家族的配对与表达水平和结合度匹配的控制配对进行比较。共表达随K值增大而升高，但一旦将每个配对与结合相似总数microRNA的控制配对比较，这种升高的大部分便消失了。该方法去除了约70%的效应，在最高共享水平上仅剩约三分之一原始大小。剩余信号在血液和尿液EV中得以重复，但在规模较小的神经退行性疾病队列中未能重复。该信号也无法对应到任何单一microRNA家族，因为166个具有足够统计效力的家族均未通过假发现率校正。该梯度在两种生物流体中也并非囊泡特异性。在血液中，囊泡组分相对于无细胞血浆和全血表现出最弱的梯度。在尿液中，其排名低于肾皮质和前列腺组织。因此，梯度本身并非该研究的发现，新之处在于测量了驱动它的因素。共享家族梯度并非竞争的诊断性标志，在没有此类比较的情况下报告该梯度并不能确立ceRNA网络。预测的吸附作用应被视为需要这些对照和直接验证的假说。