《Journal of Medical Virology》：Genomic Epidemiology and Clinical Characteristics of Mpox Lineage C.1 Outbreak in Thailand, 2023–2024
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自2022年以来，人类猴痘病毒（human monkeypox virus, hMPXV）在包括泰国在内的非流行区出现。然而本地传播中的基因组动态与临床相关性仍不明确。研究人员对泰国2023–2024年16例患者的hMPXV采用靶向扩增子二代测序（target
自2022年以来，人类猴痘病毒（human monkeypox virus, hMPXV）在包括泰国在内的非流行区出现。然而本地传播中的基因组动态与临床相关性仍不明确。研究人员对泰国2023–2024年16例患者的hMPXV采用靶向扩增子二代测序（targeted amplicon NGS）进行全基因组测序，并整合全球参考序列开展系统发育分析；同时分析非同义替换和APOBEC3相关突变特征与临床数据的关系。系统发育重建识别出三个时间阶段：2022年早期病例为IIb分支A、B谱系，与全球序列混杂，符合多次输入；2023–2024年病例以C.1谱系为主，16个基因组均属C.1（其中1个为C.1.1），并形成独特的中2023年集群C.1/Thai/Cluster，支持持续本地传播。APOBEC3相关突变在C.1谱系整体中广泛存在，包括该泰国集群内，但无证据表明该集群有显著富集。队列均为男性（81% HIV阳性、男男性行为者（MSM）），以生殖器痛性皮损为主，中位恢复时间23天。病毒遗传变异与临床结局无显著关联。泰国猴痘传播由多次输入演进为C.1主导的本地扩散，持续基因组监测十分重要。
研究背景方面，猴痘（mpox）是由人类猴痘病毒（human monkeypox virus, hMPXV）引起的动物源性传染病，该病毒属痘病毒科（Poxviridae）正痘病毒属（Orthopoxvirus），为约197 kb的线性双链DNA病毒。2022年5月后全球多国暴发，世界卫生组织（WHO）于2022年7月宣布为国际关注的突发公共卫生事件（PHEIC），传播以男男性行为者（men who have sex with men, MSM）性接触为主。hMPXV分为I支（Clade I）和II支（Clade II），2022年全球暴发由IIb分支驱动。IIb病毒高频出现GA→AA、TC→TT转换，符合APOBEC3胞苷脱氨酶活性特征，可作为持续人传人的基因组证据。泰国是东南亚国际旅行枢纽，2022年出现首批病例，但将基因组特征与患者级临床数据整合的分析仍不足，区域特异性突变是否影响疾病严重程度未知。因此，研究人员在《Journal of Medical Virology》发表该研究，对玛希隆大学诗丽叻医院2023–2024年实验室确诊猴痘患者开展全基因组测序与临床关联分析，以更新东南亚枢纽地区的基因组监测和临床认知。
主要关键技术方法中，研究人员使用2023年1月1日至2024年12月31日诗丽叻医院微生物科经实时PCR确诊、Ct＜30且有足够剩余标本量的16份皮肤病变病毒运输介质（VTM）标本，占该院确诊数69.6%。核酸提取后，以靶向扩增子二代测序（targeted amplicon NGS）在DNBSEQ-G99平台进行双端150 bp测序，比对至NC_063383.1参考基因组；用NextClade判定分支与谱系；以MAFFT比对、IQ-TREE 2构建最大似然系统发育树，TreeTime做时间尺度推演；用SnpEff注释单核苷酸多态性（SNP）并识别APOBEC3相关突变；小样本下用Fisher精确检验、Mann–Whitney U检验及Benjamini–Hochberg假发现率程序做探索性统计。
3 Results部分，3.1临床与人口学特征中，研究人员通过病历汇总发现16例均为男性，平均39.29岁，93.75%为同性恋、6.25%为双性恋；81.25%感染HIV，多数HIV RNA＜40 copies/mL即病毒抑制；梅毒56.25%、乙肝25%、丙肝18.75%共感染常见。皮损以脐凹性脓疱和发热各占50%，68.75%累及生殖器，75%为痛性皮损；93.75%标本病毒载量＞106 copies/mL，中位1.45×108 copies/mL；75%门诊管理，25%住院并用Tecovirimat，中位恢复23天，93.75%好转。
3.2泰国hMPXV系统发育概述中，研究人员将本研究16条序列与公开泰国序列40条、全球96条比对建树，识别出三阶段：2022年中为IIb的A、B谱系且与全球混杂，符合多次输入；2023–2024为C.1与C.1.1主导，与亚洲多国同期序列聚簇；2024末至2025初公共数据库为Ib支，本研究样本早于该阶段。
3.3泰国本地C.1暴发系统发育结构中，研究人员按Yu等框架将泰国C.1分为C.1/2023/Cluster I（与日本、韩国近源，提示区域引入）和C.1/Thai/Cluster（2023中—2024泰国特有、明显区别于中Cluster II/III及其他亚洲基因组，提示本地持续传播）；1条归C.1.1，提示独立引入。
3.4突变谱与APOBEC3突变中，研究人员相对IIb B.1参考ON563414.3检出77个SNP，39个编码区可视化；65个（84.4%）为APOBEC3相关（25个TC→TT、40个GA→AA）。共享非同义突变为OPG074(R665C)、OPG124(L16F)、OPG016(R84K)；部分共享OPG050:R26Q、OPG056:S354L界定泰国集群；C.1/Thai/Cluster与C.1/2023/Cluster I的APOBEC3突变数无显著差异，说明APOBEC3驱动突变是C.1整体持续人传人特征，而非泰国集群特有适应过程。
3.5病毒突变与临床关联中，研究人员将重症定义为住院、非生殖器多部位播散、肛周病/直肠炎。OPG050:R26Q、OPG056:S354L在重症中频率更高但校正后不显著（p=0.14、0.31）；重症中位非同义突变数8.0、非重症6.5（p=0.20）；APOBEC3负担、总突变负担与病毒载量均无显著关联。结论为小样本下无稳健基因型—表型关联，趋势仅具假设生成意义。
讨论部分中，研究人员指出该病群全为MSM、HIV共感染高但多病毒抑制，皮损模式与欧美一致，共病梅毒和乙肝突出，体现综合征性（syndemic）特点。系统发育上，泰国由2022年多次输入，转为2023–2024年C.1区域循环并诞生C.1/Thai/Cluster本地放大；Ib支出现后监测偏重新谱系可能掩盖老谱系多样性。突变分析支持APOBEC3介导脱氨是C.1多样化主因，而非正向选择；临床严重度更可能由宿主免疫状态和共感染决定。研究人员也说明回顾性匿名数据缺旅行史与暴露链，TreeTime非贝叶斯方法、无后验不确定性，未来需用BEAST2等贝叶斯系统动力学细化。
研究结论部分翻译为：本研究提供泰国circulating hMPXV的全基因组表征，证明2023–2024年暴发由C.1谱系主导，证据支持区域引入与持续本地传播并存；精细系统发育识别出泰国特有C.1集群，表明初始引入后发生本地扩增；突变分析显示病毒多样化主要由APOBEC3相关诱变塑造，符合持续人传人，而非集群特异性适应过程。尽管探索性分析提示病毒遗传特征与临床严重度存在趋势，但未发现统计学稳健的基因型—表型关联，凸显宿主与流行病学因素对结局的可能贡献。这些发现强调整合基因组与临床数据对理解猴痘传播动态的价值，并彰显持续、全面的基因组监测在泰国监测新兴与既有hMPXV谱系的重要性。
