FollicleFinder 实现人卵巢卵泡的自动化三维分割

《Scientific Reports》：FollicleFinder enables automated three-dimensional segmentation of human ovarian follicles

　　

摘要

体外受精（IVF）治疗方案需要频繁监测卵巢卵泡的生长过程。当前的治疗方案在财务、身体和心理上给患者带来了沉重的负担。卵泡生成的机制模型有望通过针对个体患者进行个性化治疗来改善治疗效果，但需要高质量的高保真数据。我们提出了FollicleFinder，一个用于超声图像中卵巢 follicles 自动三维分割和测量的开源流程。FollicleFinder利用局部形状描述符作为辅助任务以提高分割精度。我们使用专家标注的真实数据进行验证。为了使FollicleFinder便于临床医生使用，我们创建了一个图形用户界面，用于执行分割并交互地探索结果。此外，我们还发布了533组原始图像和专家标注的真实数据作为基准数据集。总之，开源分割流程、图形用户界面和基准数据集共同提供了一套精确的三维卵泡分割和测量工具，有助于构建更具预测性的个性化IVF治疗模型，从而指导关键的临床决策，如剂量调整和触发时机。