早期和晚期类风湿性关节炎患者液体活检的蛋白质组学和甲基化谱特征

《Scientific Reports》：Proteomic and methylation profiles of liquid biopsies in early and advanced rheumatoid arthritis

　　

摘要

分泌蛋白和游离DNA（cfDNA）的甲基化特征显示出作为类风湿性关节炎（RA）液体生物标志物的潜力。我们整合了来自血清和滑膜液（SF）的蛋白质组学数据及cfDNA启动子甲基化数据，以识别与早期RA（eRA；病程<1年）和晚期RA（aRA；>2年）相关的候选特征。研究队列包括21名RA患者（13名eRA，8名aRA）和21名健康对照组（HC），并使用了特定的样本子集。蛋白质通过无标记LC–MS/MS技术进行检测，而cfDNA的启动子水平甲基化则通过酶法全基因组测序进行评估。与蛋白质组学候选特征相关的启动子甲基化特征通过MCFS-ID方法进行了分析。探索性血清筛查发现了158种蛋白质与基因表达变化的关联，涉及133种蛋白质；这些关联的效应通常较小，并且在经过Benjamini–Hochberg校正后，457种蛋白质中没有任何一种仍保持显著性。在aRA患者的SF与外部骨关节炎患者SF的数据集中，共识别出114个候选标志物，其中97个的q值<0.05且|log2FC|≥0.5。综合分析认为卵磷脂胆固醇酰基转移酶（LCAT）和血管紧张素原（AGT）是具有最高启动子甲基化的候选标志物。这些横断面研究发现表明，LCAT和AGT可能是多组学水平的液体活检标志物，但尚未证实cfDNA甲基化与循环蛋白质丰度之间存在疾病进展或因果关系。需要进行独立的纵向研究、平衡的SF对比组以及正交实验来验证这些发现。