环境RNA去污染工具的系统性基准评估：提升单细胞转录组分析的精确度

《Nature Communications》：Systematic benchmarking of ambient RNA decontamination tools to advance precision in single-cell transcriptomic analysis

　　单细胞RNA测序技术可以测量单个细胞中的基因表达水平，但受损细胞释放的RNA可能会与完整细胞中的RNA一同被捕获，从而产生虚假信号，影响细胞鉴定和生物学解读。尽管许多计算工具旨在去除环境RNA污染，但它们之间的相对性能尚未得到系统评估。本研究利用来自多种组织和物种的模拟数据与实验数据，评估了七种工具在污染水平估算精度、跨生物与技术条件的稳健性以及对亚型特异性污染的敏感性方面的表现。结果表明，各工具具有不同的优势，这强调了将方法匹配至数据特征和研究目标的重要性。其中，DecontX在污染水平估算方面最为准确；scAR在不同条件下最为稳健，但倾向于高估污染水平；而CellClear在分辨密切相关细胞亚型方面表现最佳。本基准评估可为方法选择提供指导，从而提高单细胞分析的可靠性，并为未来方法开发指明优先方向。