大肠杆菌跨调控层面的残余需求偏差

《npj Systems Biology and Applications》：Residual demand bias across regulatory layers in Escherichia coli

　　

摘要

经典需求理论预测，经常使用的基因应倾向于正调控，而很少使用的基因应倾向于负调控。我们在大肠杆菌（Escherichia coli）中对这一观点的一个较弱版本进行了检验：有效需求可能会偏向调控方向，但不会决定调控方向。有效需求通过一个调控性iModulon活跃的表达组条件占比来估计，带符号的调控在模块、调节因子以及调节因子-基因边三个层面上进行了汇总。最显著的关联出现在调节因子加权层，尤其是对于最多含50个靶标的局部调控子而言，而更广泛的汇总和边层面的汇总结果为正但精确度较低。外部重新拟合保留了正方向，而符号随机置换零模型未能将观测到的斜率与随机符号分配明确区分开来。综合来看，这些分析结果与一种适度的残留需求相关倾向相一致，该倾向受到调控架构、生理条件以及靶标间依赖关系的过滤。