《Viruses》：First European Identification of a Partial Tacheng Tick Virus 8-like Underscores the Hidden Burden of Tick-Borne Flavivirus-like Viruses
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蜱相关病毒是全球病毒组中未被充分探索的组成部分，高度发散的RNA病毒常因丰度低和序列差异大而被漏检。塔城蜱病毒8（TcTV8）是一种特征很少的RNA黄病毒科样病毒，最初由中国革蜱属（Dermacentor）相关蜱经宏基因组学报道，后续报告极少，且亚洲以外无确证
蜱相关病毒是全球病毒组中未被充分探索的组成部分，高度发散的RNA病毒常因丰度低和序列差异大而被漏检。塔城蜱病毒8（TcTV8）是一种特征很少的RNA黄病毒科样病毒，最初由中国革蜱属（Dermacentor）相关蜱经宏基因组学报道，后续报告极少，且亚洲以外无确证检测。研究人员报道在葡萄牙采集的蜱中检测并部分基因组表征一种TcTV8样病毒。对单只蜱进行序列非依赖（SISPA）纳米孔测序，恢复三个部分片段（约2.7 kb，占参考基因组约14%；参考基因组≥1×覆盖约30%），其与TcTV8多蛋白氨基酸同一性高，包括甲基转移酶区结构域。系统发育分析将葡萄牙序列归入TcTV8谱系。读段水平分类与覆盖分析进一步支持阳性样本中存在该病毒。这些发现是研究人员所知的欧洲蜱中首次TcTV8样病毒检测，将其已知地理分布扩展至亚洲以外。该隐秘病毒谱系的检测凸显需更广泛蜱病毒组监测，以理解黄病毒科样病毒的多样性、演化和生态。
研究背景方面，蜱是重要节肢动物媒介，携带极多样且高度发散的RNA病毒，涵盖正链、负链、双链RNA及分节段与非分节段基因组。黄病毒科（Flaviviridae）含昆虫媒介、蜱媒介及无已知媒介谱系，其中蜱传脑炎病毒等具重大医学与兽医意义。塔城蜱病毒8（TcTV8）是正链RNA黄病毒科样病毒，基因组约19.5 kb，最早于中国新疆塔城革蜱属蜱中经宏基因组学发现；其与塔城蜱病毒1、2系统发育关系不远，后两者分别为内罗病毒科（Nairoviridae）与 Phenomen病毒科（Phenuiviridae）的负链RNA病毒。TcTV8此后面部有安纳托利亚、肯尼亚等短片段报告，但序列未入公共库，无法独立验证。欧洲蜱病毒发现多依赖靶向PCR检测博尔氏体（Borrelia）、无形体（Anaplasma）、蜱传脑炎病毒等，对高度发散谱系如TcTV8天然盲区。葡萄牙南部阿尔加维为地中海气候、农牧混合、候鸟与家畜野生动物交汇区，气候变化还扩大蜱栖息地与季节活动，具备隐秘蜱传病毒引入与扩散条件。因此研究人员以无偏宏基因组学筛查葡萄牙蜱中未知蜱传RNA病毒。
该论文发表于《Viruses》。研究人员对2024年7月至2025年1月葡萄牙阿尔加维10只来自多种宿主的蜱作单蜱全虫RNA提取，以无偏序列非依赖单引物扩增（SISPA）结合牛津纳米孔（Oxford Nanopore）测序，并从分类学、读段映射、蛋白结构域与系统发育多层面证实：一只蜱含TcTV8样病毒部分序列，为欧盟首例TcTV8样序列数据。意义在于把TcTV8样病毒地理分布由亚洲扩至欧洲，证明欧洲蜱病毒组仍存在宏基因组学可发现的隐秘黄病毒科样谱系，支撑今后蜱媒病毒组监测。
主要关键技术方法如下：样本为葡萄牙阿尔加维2024年7月至2025年1月采自多宿主的10只蜱，形态学鉴至属级；经序列非依赖单引物扩增（SISPA）建cDNA库，用牛津纳米孔PromethION 24与R10.4.1流通池测序；用Kraken2基于PlusPFP库作读段分类；用Minimap2将病毒读段比对TcTV8参考基因组（NC_028367，19537 bp）算覆盖与深度；用Flye从头组装、RagTag定位回收片段；用InterProScan、HHpred、HHblits作蛋白结构域与远缘同源注释；用MAFFT比对、IQ-TREE最大似然法建系统发育树并以1000次超快bootstrap支持。
研究结果各小节如下。
3.1 蜱鉴定与测序产出：3.1.1 形态学鉴定中，研究人员于立体显微镜按头喙、盾板纹饰、腿节划分把蜱鉴为扇头蜱属（Rhipicephalus）、玻璃眼蜱属（Hyalomma）、革蜱属（Dermacentor）、硬蜱属（Ixodes）。3.1.2 测序数据质量中，10样本共55000读段，滤后54797读段。
3.2 病毒读段检测与TcTV8参考映射：3.2.1 样本1病毒读段检测中，仅样本1有26条病毒读段且全被Kraken2归为TcTV8，其余样本病毒读段≤2且过短难归类。3.2.2 参考映射与覆盖分析中，样本1中26读段映射TcTV8参考，占该样本0.26%，全参考平均深度1.05×，有覆盖位平均3.48×，最大8×，参考30.18%位点≥1×覆盖。
3.3 序列相似性与结构域注释：3.3.1 部分编码片段回收里，三段非连续片段共2682 bp，占参考13.7%，因TcTV8编单多蛋白而不能复原完整多蛋白。3.3.2 蛋白特征与结构域分析中，Fragment_1与Fragment_2无显著域；Fragment_3有Gene3D的牛痘病毒VP39样结构域/超家族（G3DSA:3.40.50.150），示VP39样甲基转移酶结构同源。
3.4 蛋白同源分析：3.4.1 HHpred分析里，Fragment_1、Fragment_2无可靠远缘同源；Fragment_2弱配Beige/BEACH域不显著；Fragment_3有PA28/11S调节因子弱配不显著，但Fragment_3内区与tRNA甲基转移酶、帽特异性mRNA甲基转移酶、非洲猪瘟病毒甲基转移酶、nsp2蛋白酶/甲基转移酶等多高置信匹配（概率≥99.8%），支持甲基转移酶样域。3.4.2 HHblits分析中，Fragment_1与TcTV8多蛋白概率100%，Fragment_2无可靠匹配，Fragment_3与TcTV8多蛋白（A0A0P0QKN0）概率100%、E=1.2×10?316。
3.5 与TcTV8的序列相似性：BLAST系列显示Fragment_1短区与TcTV8多蛋白（YP_009179217.1）81 aa完全同一；Fragment_2（504 nt，83.33%核苷酸同一）与Fragment_3（1932 nt，86.70%核苷酸同一）均全查询覆盖匹配TcTV8 TCP-2多蛋白基因（NC_028367.1）；Fragment_3对应644 aa、93.17%氨基酸同一，证明三片段源自TcTV8样病毒且Fragment_3为多蛋白大段。
3.6 回收TcTV8样序列的系统发育定位：最大似然树用TIM3+F+R3模型，葡萄牙序列“Tacheng Algarve Rogil”与TcTV8参考聚支且节点100% bootstrap，归黄病毒科样病毒谱系；因仅部分核苷酸数据，深层关系审慎解释。
讨论部分总结：研究人员强调此为欧盟首份TcTV8样序列数据，但仅单阳性样本、26病毒读段、三段部分片段，非负完整基因组；无阴性提取与建库对照，不能排除以SISPA扩增偏好、试剂污染或条码错配致低丰度信号。Fragment_3的VP39样域与高置信甲基转移酶同源仅证结构/演化同源，不代表具黄病毒NS5甲基转移酶般帽N7/2′-O甲基化功能；未回收RNA依赖RNA聚合酶（RdRp）区，限制分类分辨率。单阳性样本不能判定葡萄牙是否本地流行、新近引入或广布欧洲；19.5 kb大基因组下2682 bp仅13.7%，覆盖广度不等于序列回收比例；纳米孔低深度致共识序列存疑且未用靶向RT-PCR与Sanger确认。蜱中检出病毒RNA不等于胜任生物媒介，不能推脊椎动物宿主范围、致病性或人畜共患潜力。价值在凸显宏基因组学能补靶向PCR盲区，应扩采样、做RT-PCR确认、富集测序与近全基因组回收。
结论部分翻译：本研究提供葡萄牙蜱样本中存在塔城蜱病毒8（TcTV8）样序列的初步证据，且据研究人员所知是欧盟首份TcTV8样序列数据。回收三个部分编码片段，Fragment_3凭结构域与谱图同源一致指向甲基转移酶样区，提供最强功能证据。序列相似性与系统发育定位进一步支持归为TcTV8样。但病毒读段少、基因组回收不全、缺RdRp区、无独立分子确认，使分类与功能结论受限。目前不能推断致病性、宿主范围、传播能力或人畜共患潜力。这些发现支持在葡萄牙及欧洲其他区域蜱中开展TcTV8样病毒靶向监测与基因组表征。
