《Diagnostics》:α-Synuclein Pathology in Idiopathic Normal Pressure Hydrocephalus: Evidence for Concomitant Synucleinopathy and Clinical Implications
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背景:目前传染病的诊断主要依赖于聚合酶链反应(PCR)检测。然而,这些方法能够同时检测的病原体范围有限,其有效使用依赖于先验的病因学假设。基于多重PCR的靶向二代测序(mp-tNGS)被认为是扩展病毒检测的一种有前景的补充方法。本研究旨在开发一种自建mp-tN
背景:目前传染病的诊断主要依赖于聚合酶链反应(PCR)检测。然而,这些方法能够同时检测的病原体范围有限,其有效使用依赖于先验的病因学假设。基于多重PCR的靶向二代测序(mp-tNGS)被认为是扩展病毒检测的一种有前景的补充方法。本研究旨在开发一种自建mp-tNGS方法,初步评估其分析灵敏度,并应用临床呼吸道标本探索其性能。方法:该方法包括一个针对28种病毒的panel和用于mp-tNGS数据处理的生物信息学流程。使用含有包被RNA或DNA的阳性对照样本(PCSs)评估分析灵敏度。使用910份鼻咽和口咽拭子标本探索其在临床标本中的性能,这些标本根据先前PCR检测结果分为三组。结果:在28个病毒靶标中,23个接受了实验性分析评估,而5个仅进行了计算机模拟评估。在测试的23个PCSs中,19个的估计检测限(LoD)范围为6.3×102至9.4×103拷贝/mL。在216份PCR阳性标本组中,139份标本的PCR和mp-tNGS结果完全一致;在28份标本中,mp-tNGS额外检测到其他病毒。在394份PCR阴性标本中,mp-tNGS在81份中检测到病毒。在300份医院来源标本组中,mp-tNGS在131份标本中检测到至少一种病毒靶标,包括初次检测未发现的额外病毒检出和合并感染。相当一部分额外发现涉及Epstein-Barr病毒(EBV)和巨细胞病毒(CMV),需要谨慎的临床解读。结论:所开发的mp-tNGS方法显示了同时检测广泛已知病毒、提供病毒分型和识别合并感染的潜力。该方法可作为辅助工具,扩展呼吸道感染的实验室诊断;然而,还需要进一步优化、验证以及结果判读标准的标准化。
急性呼吸道感染(ARIs)是重大公共卫生问题,约80%的病例由病毒引起。常规PCR是诊断金标准,但其多重扩增能力通常局限于每个反应约5个靶标,检测范围有限,且有效使用依赖于对可能病原体的先验判断。这可能导致某些病原体漏检,并难以识别合并感染。二代测序(NGS)技术,尤其是宏基因组二代测序(mNGS),可无偏检测多种病原,但灵敏度较低、成本较高且需要复杂的数据分析。靶向二代测序(tNGS)通过预先富