《International Journal of Food Microbiology》：Whole-genome sequencing links a
Salmonella Newport ST164 outbreak on Fernando de Noronha to prior circulation in the Brazilian poultry supply chain
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摘要地处偏远的旅游胜地发生的食源性疾病暴发具有独特的一体健康挑战，涉及有限的本地监测能力、复杂的跨洲供应链和高人流流动性。2021年5月，巴西东北部偏远的世界文化遗产岛屿费尔南多·迪诺罗尼亚发生一起与美食节相关的腹泻暴发事件，病原体为鸡鼠伤寒沙门氏菌Newport血清型ST1
摘要
地处偏远的旅游胜地发生的食源性疾病暴发具有独特的一体健康挑战，涉及有限的本地监测能力、复杂的跨洲供应链和高人流流动性。2021年5月，巴西东北部偏远的世界文化遗产岛屿费尔南多·迪诺罗尼亚发生一起与美食节相关的腹泻暴发事件，病原体为鸡鼠伤寒沙门氏菌Newport血清型ST164。本研究采用整合基因组学方法和流行病学调查，提出了一条传播链，在全国和国际多样性背景下对沙门氏菌Newport流行克隆的病例定义进行了情境化和精细化。对17份流行病学关联暴发菌株和来自巴西、法国、英国及美国的68份背景基因组进行了全基因组测序（WGS）、基于SNP的系统发育基因组学分析、泛基因组分析、沙门氏菌致病岛（SPI）谱分析以及耐药组表征。SNP分析鉴定出一个包含13个基因组的克隆核心，SNP差异少于20个，表明9份患者菌株、2份食品菌株和2份食品从业人员菌株之间存在可能的关联，与厨房员工交叉污染即食贻贝菜品有关。2020年来自距费尔南多·迪诺罗尼亚约2180公里的内陆生产商的3份禽类菌株与暴发核心仅存在13至17个核心SNP差异，提示该谱系在供应链中已有先行循环。泛基因组分析也支持这一证据，暴发与非暴发背景之间5745个基因簇中有4544个共有基因（99.9%），近乎完全重叠，主要差异在于防御/前噬菌体相关的附属模块。耐药组由固有外排决定因子组成，未发现获得性耐药性，35.3%的菌株对环丙沙星呈中度敏感。这项基于一体健康理念的研究所提供的WGS基因组重建，为偏远旅游岛屿沙门氏菌Newport ST164暴发提供了基因组学证据，支持从禽类相关内陆储库传播的可能性，以及美食海鲜节交叉污染的相关发现。
Mariane Verinaud Soares|André Felipe das Mercês Santos|Pedro Panzenhagen|Maria Eduarda Moreira da Costa Miranda|Joyce Figueira Pereira de Souza|Laura Fabiana Vieira do Amparo|Maria Luiza Paula Pereira|Mayara Matias de Oliveira Marques da Costa|Patrícia Carvalho Sequeira|Elmiro Rosendo do Nascimento|Thomas Salles Dias
奥斯瓦尔多·克鲁兹研究所（IOC），奥斯瓦尔多·克鲁兹基金会，马雷校区，里约热内卢，RJ，21040-361，巴西
