巨噬细胞/中性粒细胞分化过程中的碱基对分辨率ATAC测序

《BMC Research Notes》：Base-pair resolution ATAC-seq during macrophage/neutrophil differentiation

　　

摘要

目标

细胞在发育和成体稳态过程中的分化需要在多个尺度上对表观基因组进行广泛重塑，从转录因子结合位点（TFBS）到跨越数百千碱基对的区域。我们使用转座酶可及性染色质测序（ATAC-seq）在高覆盖度下，绘制了基因组的可及性图谱，并研究了其在体外巨噬细胞-中性粒细胞分化模型分化过程中的变化。该数据集可支持未来在更广泛的基因组范围内研究髓系分化过程中DNA可及性的动态变化。

数据描述

使用ATAC-seq对双能小鼠髓系祖细胞系PUER在体外分化为巨噬细胞和中性粒细胞的过程中的DNA可及性进行了重复测序，分别在三个和五个时间点取样。所得文库的平均测序深度约为每样本3亿条reads。高覆盖度测序和时间序列采样使得能够对髓系分化过程中可及性的动态变化进行基因组规模的分析，分辨率可达单个转录因子结合位点级别。