综述：高通量测序在植物病毒认证与检疫中：迈向协调标准化之路上的解读与监管空白

《European Journal of Plant Pathology》：High-throughput sequencing in plant-virus certification and quarantine: interpretive and regulatory gaps on the path to harmonised standardisation

　　高通量测序（HTS）已成熟为一种灵敏且可扩展的工具，用于检测和发现植物病毒，验证工作表明其分析性能与葡萄苗木认证中的应用兼容。一些司法管辖区已经从验证过渡到常规使用：2021年，美国接受了HTS与定量PCR检测相结合的方法，取代了葡萄、李属（Prunus）和玫瑰的检疫和认证中的生物索引方法，澳大利亚和新西兰的入境后检疫项目也采用了类似的方法。然而，这种采用仍然具有地域性：只有少数项目采用了HTS，即使已被采用，每个司法管辖区也应用各自的方案，因此尚无公认的统一标准在认证和检疫项目间运行。近期为管理HTS检测中新发现的病毒而提出的框架在意图上是通用的，其假设基于应用的简便性、有限的病毒组、宿主的有性繁殖以及建立实验因果关系的路径，这些假设在葡萄上最不适用。葡萄已记录有超过102种病毒和类病毒，完全依靠营养繁殖，慢性多重病原体同时感染使得科赫法则在实践中难以实现，这使得这些框架在葡萄上最难直接应用。我们认为，HTS在认证中采用的主要剩余障碍现在是解释性和监管性而非技术性的，并且葡萄的特殊生物学状况产生的要求与现有通用框架所针对的要求在性质上有根本区别。我们确定了按因果层次排列的三个差距：解释性差距是约束性障碍，因为其解决是另外两个的逻辑前提。第一，HTS检测的生物学意义尚未解决：测序返回的是定性的存在/缺失判定，但认证需要知道该检测是否对应于一个已确立的、具有监管意义且可传播的感染，据我们所知，尚无经过验证的框架将序列检测与在慢性多重感染下的无症状多年生植物的生物学或流行病学意义联系起来。HTS同时产生的连续丰度数据不能作为监管决策的稳定基础，我们不将其视为这样的基础。第二，方法的碎片化损害了可重复性；在两项独立的实验室间研究中，病毒检测准确性差异很大，生物信息学分析步骤是变异的主要来源，这对ISO 17025等稳定方案标准下的认证提出了特定要求。第三，病毒发现的速度已超越了决定新发现的病毒是否值得检疫、监测或排除的逻辑：基于现有证据的计算表明，葡萄中已记录的超过102种病毒中，有足够生物学和流行病学表征以支持完全知情监管决策的不足15种，其余处于监管真空状态，而无限的预防性默认策略无法负责任地填补这一空白。近期的实验室间验证研究表明，分析差距正在缩小；解释性和监管性差距仍然存在，并且在葡萄上，比现有框架主要设计的年作物和草本植物系统更加结构性地严峻。