全转录组空间成像视角下的乳腺癌

《Scientific Reports》：Breast cancer through the lens of whole transcriptome spatial imaging

　　摘要利用全球首个转录组规模的乳腺肿瘤空间成像，我们评估了可以从一位患者的疾病中了解到什么。我们记录了3个形态学区域、9个空间域、37种细胞类型和1692条通路中的异质性。然后，采用一种新的空间分层差异表达算法，我们对细胞类型在不同空间位置的行为进行了超过200万个假设的检验。我们测量了CD8+ T细胞进入肿瘤时的变化，癌细胞如何适应营养匮乏的微环境，肿瘤糖酵解如何影响邻近的健康细胞，以及肿瘤低增殖区域有何不同。我们发现了几种可药物靶向的生物学现象：肿瘤异质性和侵袭程序表明与传统分级无关的侵袭性；PDCD1表达和耗竭限制了T细胞活性；癌细胞表现出血管生成信号，但在缺氧区域增殖减少；一个恶性亚群上调了脂质代谢。这些发现展示了通过单个肿瘤的空间分析可以获得的认识。