特有鳅类Leptobotia tchangi的完整线粒体基因组及其在Botiidae科中的系统发育位置
《Genes》:Complete Mitochondrial Genome of the Endemic Loach Leptobotia tchangi and Its Phylogenetic Placement Within Botiidae
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时间:2026年09月10日
来源:Genes 3.1
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摘要
背景:Leptobotia tchangi是一种仅分布于中国南部的鳅类物种,但其线粒体基因组至今尚未被研究,这限制了对其进化关系和保护遗传学的理解。方法:本研究利用下一代测序技术、基因组组装和生物信息学分析,首次完
摘要
背景:Leptobotia tchangi是一种仅分布于中国南部的鳅类物种,但其线粒体基因组至今尚未被研究,这限制了对其进化关系和保护遗传学的理解。方法:本研究利用下一代测序技术、基因组组装和生物信息学分析,首次完成了L. tchangi的线粒体基因组测序。结果:该双链环状线粒体基因组全长16,590 bp,包含13个蛋白质编码基因(PCGs)、2个核糖体RNA基因、22个转运RNA基因以及一个含有保守ETAS和CSB基序的非编码控制区域(D-loop)。整体碱基组成比例为:胸腺嘧啶(T)25.0%、胞嘧啶(C)27.9%、腺嘌呤(A)31.1%、鸟嘌呤(G)16.0%,显示出明显的A/T偏向(占56.1%),这一特征与其他Botiidae科线粒体基因组一致。为推断L. tchangi在Botiidae科中的系统发育位置,我们基于拼接后的PCG序列进行了贝叶斯推断和最大似然法系统发育分析。研究结果强烈支持:(1) Leptobotiinae亚科和Botiinae亚科的单系性,以及Botiidae科内各属的单系性;(2) Botiinae亚科内的三个姐妹群关系:Botia + Chromobotia、Ambastaia + Sinibotia>以及Syncrossus + Yasuhikotakia>,其中后两个物种群体也是姐妹群;(3) L. tchangi与Leptobotia taeniops的关系最为密切。结论:这些发现不仅为L. tchangi的物种鉴定和保护遗传学研究提供了重要的分子标记,还明确了其在Botiidae科中的分类地位。
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