摘要
背景：最近的全癌种转录组分析鉴定出ENST00000453316作为癌症生物标志物候选，该转录本在多种癌症类型中表现出一致且显著的表达失调。方法：本研究采用生物信息学方法探讨了该转录本在癌症相关过程中的调控RNA作用及其作为生物标志物的潜力。结果：计算特征分析将ENST00000453316归类为具有调控特征和稳定结构的非编码转录本。整理后的注释记录了跨转录本区域的21个RNA结合蛋白的结合情况，其中独特的剪接位点处有核心剪接体因子结合，末端外显子处有细胞质3'末端因子结合，与基于序列的预测结果一致。启动子分析揭示了一个无TATA盒、CpG贫乏的区域，且含有多个潜在的转录调控因子结合位点。其在大多数所分析的实体瘤类型中表达较高，而在非肿瘤组织中表达极低，表明其具有肿瘤相关性表达模式。在TCGA数据集中，对于10种具有足够相邻正常样本的组织类型中的5种，该转录本在区分肿瘤组织与相邻非肿瘤组织方面效果良好，其中在肺部的ROC曲线下面积达到0.82，在膀胱中为0.78，在结肠、乳腺和胃中为0.71–0.75，但在肾脏、甲状腺和前列腺中接近随机水平。结论：这些结果表明ENST00000453316是一种癌症相关、由启动子驱动的非编码转录本，具有潜在的调控意义。尽管其注释有所修订，但它展示了替代启动子使用如何产生具有生物学和临床意义的转录本，并参与肿瘤特异性基因调控。未来仍需实验验证以确认ENST00000453316作为功能性调控RNA的作用，并评估其作为癌症生物标志物的临床潜力。
